Plant MITE

SE3030898

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_1035
Malus domestica
SE3030898
hAT
Madh18
MDC012221.243:5411-6141
CAATTGGT
CAATTGGTTAGGGGTGG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

        GT         AAAWAACCCGAACCGAACCAAAAAAAWC      -   AAMCCGAAAATTCTTGAAATTTTTTGGGATGCTATCCCGAACCGATCCTGAAATTTCAATACGGGATTCGGGATTGGCTTCTCGATATTTCAGGAATCCCATACGGAACTGAAAATATATATTATTATATATATATATATATATACATATATATTATATATATTATTCTTTTATAATTAATGCTAGTAGTTTTTAATTCATGCTCTGCAACCTGGAATGCCCTACACCTTGCATATTTTTCATGTTCTGTTTGATATTCGTTTGGATTTTATTATTGCTGCTGTCATGGCTGATGATTTCAGAAGGCTTGATTCTTTGGTCTCTC
  CAATTG  TAGGGGTGG                            CCAATC CCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
  ||||||  |||||||||                            |||||| |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
  GTTAAC  ATCCCCACC                            AAGCCA ACC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
TG      --         ----------------------------      T   CTATGGTTTGGCTTTGATCATAGTACTTAGGGTTGGCTTTAAAAAACCCTACCCTTAAACTTCTGGTTAGGGTTTGGTTTAAAAACCCTTAAGGTTTAAAGCCCTTAGGGCTTTATAAAAGCCCTAAAGTCCTGTTTAGCTCTTTGGGTTTAATTTTATACTTTAATACTTAATAAGCAGTTTATATATTAATTTCTTGTGTAAGTACTTGATCCTTACAGTAAAGTAAGTGTGAAGTGTGATGATAAATTAGCTTGTGACCGTACGGACTGACAAAAATAGTATCAATTTTAAGTTTAATTAATTTGGGAAAACCGTTTGACAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3030898

CAATTGGTTAGGGGTGGAAAWAACCCGAACCGAACCAAAAAAAWCCCAATCCCAAAMCCGAAAATTCTTGAAATTTTTTGGGATGCTATCCCGAACCGATCCTGAAATTTCAATACGGGATTCGGGATTGGCTTCTCGATATTTCAGGAATCCCATACGGAACTGAAAATATATATTATTATATATATATATATATATACATATATATTATATATATTATTCTTTTATAATTAATGCTAGTAGTTTTTAATTCATGCTCTGCAACCTGGAATGCCCTACACCTTGCATATTTTTCATGTTCTGTTTGATATTCGTTTGGATTTTATTATTGCTGCTGTCATGGCTGATGATTTCAGAAGGCTTGATTCTTTGGTCTCTCAACAGTTTGCCAAAAGGGTTTAATTAATTTGAATTTTAACTATGATAAAAACAGTCAGGCATGCCAGTGTTCGATTAAATAGTAGTGTGAAGTGTGAATGAAATGACATTCCTAGTTCATGAATGTGTTCTTTAATTATATATTTGACGAATAATTCATAATTTCATATTTTAATTTGGGTTTCTCGATTTGTCCTGAAATCCCGAAAATATTTCGGGATTCCCGAAATTTGGAATTCCCAAAAATTTGGTTTGGGATTGGTCTTCAAATTCCCATCCCAAAAAATTTCGGTTGGGATTCATGATACTAGTTTCGGTTTGGTATCCCATACCGAACCACCCCTACAATTGGT

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