SE0350025

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_1104
  • Arabidopsis thaliana
  • SE0350025
  • PIF/harbinger
  • To8
  • chr1:26520101-26520586
  • TAA
  • AGACCATCATTATTGATAGTTTCTTAGGTTAGTTCTTTGATAAAGTAGGTCTTA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TA   C        T  A           GT     CT      A   AGG     AATTTAATA        C    ----------AATT         ---       ATATAAGAGCCAAATCTAATGTTTCTTAGGTTAATTCTTAGATAAATTAGGTATTAAATATAATGTTTTAATTCAATTAATTTTAATTTTTAGATAAATTAAGTATTAAATCTAATTGTTTGTCATATTTGTTTAAAATTT
  AGA CATCATTA TG TAGTTTCTTAG  TAGTT  TTGATA AGT   TCTTA         TTATAATT AATT              GTTAAGAAT   GGCTCTT                                                                                                                                             
  ||| |||||||| || |||||||||||  |||||  |||||| |||   |||||         |||||||| ||||              |||||||||   |||||||                                                                                                                                             T
  TCT GTAGTAAT AC ATCAAAGAATC  ATTAG  AATTAT TCA   AGAAT         AATATTAA TTAA              CAATTCTTA   CAATTCT                                                                                                                                             
AA   C        T  C           GT     --      A   ---     ACTTATAAA        -    AACTTTTAAAACTT         AAC       CTAACTTTAAAACCGTTATACGTTACCACCTGAGAATTGAACTCAAAAAATTTTTTTTTAACTTTTTTTTTAATCATTGTAATATTAAAATTTTTTGAATTATTAATAATGTTGAATATTTTAAACTTTGTATGTACTGTA

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End