Plant MITE

SE2530990

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2220
Brachypodium distachyon
SE2530990
hAT
Hat48
Bd3:18845131-18845694
AGCCCGAG
CGAGTAGGGGTGGGTGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AGCC  A  --    -        AAAA       ACCAAA      AGCCAAATTAAAC  ATCCGAAACCGAAGTAACCGAAACCGAATTAACCGATAATAATTTCGGTGGCTAAGTGGGGTTAACCGATTTTTAATTTGGTGAGTTAGGTTATTAACCTCGGTTACCGAATTAATGATAAATAGTCTAAAACATACGTCGTTACGCACTTATATCTATTTTATTATATATTTTGTAGGAAGTATTTCTAAACTTTGGTGTAACCTCAAGGCTGCACGACCTTCGGTTATGTC
    CG GT  AGGG GTGGGTGT    AACCGAA      AGCCGA             GG                                                                                                                                                                                                                                         
    || ||  |||| ||||||||    |||||||      ||||||             ||                                                                                                                                                                                                                                         A
    GC CG  TCCC CACCCGCA    AGCCAAA      TTGGCT             CT                                                                                                                                                                                                                                         
  GA  C  AA    G        ----       -----A      -------------  TATGCCAAGCCAAAGAAGCCAAAAGTCTTTAAGCTAATTACTCTTTACAGTTGGCTTTATAGGAGCCAAAAAGTCGATTGGCTCTTAAGCCAATTGGCATTAAAACCAATCCAAAACCACATTTGGCTATATTGGCTTGAATACTTGGCTATCCCTTTATCTGTTGTGGTTTAGTATTAAAAATCGTTTTGAAGGTTGTATATCTACCGAGCTTCAGAGTTTGTTTCTTTGAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2530990

AGCCCGAGTAGGGGTGGGTGTAAAAAACCGAAACCAAAAGCCGAAGCCAAATTAAACGGATCCGAAACCGAAGTAACCGAAACCGAATTAACCGATAATAATTTCGGTGGCTAAGTGGGGTTAACCGATTTTTAATTTGGTGAGTTAGGTTATTAACCTCGGTTACCGAATTAATGATAAATAGTCTAAAACATACGTCGTTACGCACTTATATCTATTTTATTATATATTTTGTAGGAAGTATTTCTAAACTTTGGTGTAACCTCAAGGCTGCACGACCTTCGGTTATGTCAGAGTTTCTTTGTTTGAGACTTCGAGCCATCTATATGTTGGAAGTTTTGCTAAAAATTATGATTTGGTGTTGTCTATTTCCCTATCGGTTCATAAGTTCGGTTATATCGGTTTACACCAAAACCTAACCAAAATTACGGTTAACCGAATTCTCGGTTAGCTGAAAAACCGAGGATATTTCGGTTGACATTTCTCATTAATCGAATTTCTGAAAACCGAAGAAACCGAACCGTATTCTCGGTTAAAACCGAACGCCCACGCCCTAAGCCCGAG

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