Plant MITE

SE0450263

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2633
Brassica rapa
SE0450263
PIF/harbinger
To43
A09:33105723-33106448
TTA
AGACCATCTCCAATGGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT   C             TTCCCTC     TTCCTTAAAATTATGTAAACTCAAAATGAGATTGTGATTTGCTCCAATGGTTTCCTTCATTTTCTCTCTCAATTCTTATTATATTCATTTTTCAACTTCTTATTTATTGCAAATAAAACCTTTTATTTTATAAGATTTTAGACTATACTCATTTATTTTTAAATTCTACAATTTAACTAAACTTTAACTTATAAAAAACAAATATTTATTATATTAATAAAATTACATAACAACATACAAAGTAATAGTATAATTTTACTCAAACAGTACTATTATCATATTTTTTCCACTTTGTATTAGTTATGTATCTCGATGGTATTGTTTTCTATTTTATT
  AGA CATCTCCAATGGT       ATTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
  ||| |||||||||||||       |||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
  TCT GTAGAGGTTACCA       GTAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
AT   C             ------C     TTTACTCTCTTTTATATTTTTTTATTTCCTTTAAGAAAAGATTACCATGAAGTAAAACTCTCTTTTTTACTTCTATGCTTGTCCTAAGGGAGTCTAAAATTCCTTGTGATAAGTGTTAGAGTAAAACTACATTTCGAAAAAAATAAATGTATTATCTGGAAATAAAACTGTTAAAAATAAAATACGTATTTGTTTTGTAATTGTAATTTGTATTAAAAATATTGAAATATAGGTAATACATATATGGCTAATTTGAAGAATTTTATATTAATGGTTATTAATTAATAATTTTATATTAAATATTAAAATATTTAATATTATATATTAATTTTCTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0450263

TTAGACCATCTCCAATGGTTTCCCTCATTTTTTCCTTAAAATTATGTAAACTCAAAATGAGATTGTGATTTGCTCCAATGGTTTCCTTCATTTTCTCTCTCAATTCTTATTATATTCATTTTTCAACTTCTTATTTATTGCAAATAAAACCTTTTATTTTATAAGATTTTAGACTATACTCATTTATTTTTAAATTCTACAATTTAACTAAACTTTAACTTATAAAAAACAAATATTTATTATATTAATAAAATTACATAACAACATACAAAGTAATAGTATAATTTTACTCAAACAGTACTATTATCATATTTTTTCCACTTTGTATTAGTTATGTATCTCGATGGTATTGTTTTCTATTTTATTTTCTTTTAATTATATATTATAATTTATAAAATTATAAATTATATTTTAATAATTAATTATTGGTAATTATATTTTAAGAAGTTTAATCGGTATATACATAATGGATATAAAGTTATAAAAATTATGTTTAATGTTAATGTTTTGTTTATGCATAAAATAAAAATTGTCAAAATAAAGGTCTATTATGTAAATAAAAAAAGCTTTACATCAAAATGAGATTGTGAATAGTGTTCCTTAAAATCTGAGGGAATCCTGTTCGTATCTTCATTTTTTCTCTCAAAATGAAGTACCATTAGAAAAGAATTTCCTTTATTTTTTTATATTTTCTCTCATTTTGATGCACCATTGGAGATGCTCTTA

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