Plant MITE

SE0430286

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2656
Brassica rapa
SE0430286
hAT
Hat60
A07:6618465-6619147
CATATAAC
TATAACCAGAGCCGTGC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CA    AC   A       TTACAGCTTAA    AAAGACATTTGCCTAAGGCCCCCAAATTTTGTAAAATTTTAAGGGCCCCTAATTACAAAACAAAAGAATTACATAATAGTTAATGTATTCTTTTAGTTAGATTTTTATTTTTATTTGATTCTAAATTCGATTTATGTTTAAAAAAAAAAACTAATTTATGATTAATTTTACTATATTTTATGTAAAACTATAAAGATTCTACTTCTAATTAACTGTAAATATTTGATCCATATTTTTCATTTTTGTATATGTTATGAGTTAGATTTATTTTATATATTTATAGAATTTGATTAACAAATTATAATATTTTGA
  TATA  CAG GCCGTGC           TGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
  ||||  ||| |||||||           ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
  ATAT  GTC CGGCACG           TCCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
CA    AC   A       ---------CT    AAAACTCCTGGGTTCCGCTTAATTTTTTTTTAAATAAACTATAGCAAAAAACTTTTTTCAAGATAAATTTAAGTTTAATATATTTTATAAAAAAACTTTTTTTGTATATTTGTATTGTGATTTTTCAAAACTAAATAATGGATTTGTAAAAGATTTAAAAGACGTGATCTGAAAATATTTGATTTTTATTTTATTACTAGTTTTCATCCTTAATCATTATATTTTTGTTTTTATGTTTAAAACTTAACTTTACAACCAGCGACAATTTTTCGATTTAGAACCGCAAATTTAATTTATGTTATTTGATATATA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0430286

CATATAACCAGAGCCGTGCTTACAGCTTAATGAAAAAGACATTTGCCTAAGGCCCCCAAATTTTGTAAAATTTTAAGGGCCCCTAATTACAAAACAAAAGAATTACATAATAGTTAATGTATTCTTTTAGTTAGATTTTTATTTTTATTTGATTCTAAATTCGATTTATGTTTAAAAAAAAAAACTAATTTATGATTAATTTTACTATATTTTATGTAAAACTATAAAGATTCTACTTCTAATTAACTGTAAATATTTGATCCATATTTTTCATTTTTGTATATGTTATGAGTTAGATTTATTTTATATATTTATAGAATTTGATTAACAAATTATAATATTTTGAATATATAGTTTATTGTATTTAATTTAAACGCCAAGATTTAGCTTTTTAACAGCGACCAACATTTCAATTCAAAATTTGTATTTTTGTTTTTATATTACTAATTCCTACTTTTGATCATTATTTTATTTTTAGTTTATAAAAGTCTAGTGCAGAAAATTTAGAAAATGTTTAGGTAATAAATCAAAACTTTTTAGTGTTATGTTTATATGTTTTTTTCAAAAAAATATTTTATATAATTTGAATTTAAATAGAACTTTTTTCAAAAAACGATATCAAATAAATTTTTTTTTAATTCGCCTTGGGTCCTCAAAAACCTTCGCACGGCACTGCATATAAC

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