Plant MITE

SE1630008

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2689
Manihot esculenta
SE1630008
hAT
Hat4
scaffold02193:46893-47677
CTCAGGAG
CTCAGGAGCATGGTTTTAAAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

   AG                    -- -  -    CGTTATATAACGGGTTTTGGGGGAGGCCGTTACCCGTTATCTCGTTATATAACGGCCCCTCCTGATTTGTAGGCGTAACGGCCGTTACGCCGTTACCATTACCCACCGTTACGTAACGGTAACGGCCGTTACCAATAATTAAAATTCTTTTATATCTTTTATCTTTTGCTCCCTATTCTCATTTTCATTAGTTTCTACACTTTTCAACGGCTTCAAAGACTATATTTTTTAAGTTTTCTCTTCCCTTTCTCTTTCAAATTTCAATTTTCCCTGCATATTTCTCATATAAACTTAGATCCATTATAAATTACTCTATTTCCAAGCTTATTTCTTCTAAAAAGTTAGTTAAATTTTATCT
CTC  GAGCATGGTTTTAAATAACG  G CC GTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
|||  ||||||||||||||||||||  | || ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A
GAG  CTCGTACCAAAATTTAGCGC  G GC GGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
   GA                    CA C  C    TAAGCGCCAGCACCAGCGCCCATTGCCTTTGTATGGACATTGCCGGCATTGCATTGCCATTACCGGACCGCGATGCGTTTAAAAAAATTTTTTTAACGTTTCAAGTATTTATTTTACTATAACTAATCTAAATTAAATCTTGTTACATATGTTTACGTATTATTTGTATTTATATATTTTATATCTAATAAATTAAATTCAATTTATAGTATATTAAATTTTATTCTTTTTAGTTATATTAGAAATATCTAGCTCATTTGATTATCGAGTTTTATGTTAAAATTGAGTTTTGATTATGAAATTAGGTGTTTTTGAATATTTTTCTTCCCTTTTTTTTTTGTTGTTAATTTTTGATTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1630008

CTCAGGAGCATGGTTTTAAATAACGGCCGTTACGTTATATAACGGGTTTTGGGGGAGGCCGTTACCCGTTATCTCGTTATATAACGGCCCCTCCTGATTTGTAGGCGTAACGGCCGTTACGCCGTTACCATTACCCACCGTTACGTAACGGTAACGGCCGTTACCAATAATTAAAATTCTTTTATATCTTTTATCTTTTGCTCCCTATTCTCATTTTCATTAGTTTCTACACTTTTCAACGGCTTCAAAGACTATATTTTTTAAGTTTTCTCTTCCCTTTCTCTTTCAAATTTCAATTTTCCCTGCATATTTCTCATATAAACTTAGATCCATTATAAATTACTCTATTTCCAAGCTTATTTCTTCTAAAAAGTTAGTTAAATTTTATCTATTTTAGTTTTTAATTGTTGTTTTTTTTTTCCCTTCTTTTTATAAGTTTTTGTGGATTAAAGTATTAGTTTTGAGTTAAAATTGTATTTTGAGCTATTAGTTTACTCGATCTATAAAGATTATATTGATTTTTCTTATTTTAAATTATATGATATTTAACTTAAATTAAATAATCTATATTTTATATATTTATGTTTATTATGCATTTGTATACATTGTTCTAAATTAAATCTAATCAATATCATTTTATTTATGAACTTTGCAATTTTTTTAAAAAAATTTGCGTAGCGCCAGGCCATTACCGTTACGTTACGGCCGTTACAGGTATGTTTCCGTTACCCGCGACCACGACCGCGAATGTGGCCGCGACCGCGATTTAAAACCATGCTCAGGAG

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