Plant MITE

SE1630010

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2691
Manihot esculenta
SE1630010
hAT
Hat3
scaffold03614:4019440-4020201
ATGATAGA
TAGGGGTGTAAACGAACCGAGCC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

ATGATAGA            C  A       ------     --    TTTGAAGAGTTCAAGCTTGGTTCGTTAAAATTTTTTCGAGCTCGAGCCGAATTCGAGCTTTACTCATATCGAATTCGAGCCGAGTATTATGAAGTTCAAGCTTGGCTCGTTTAGCAAACGAACTTAGACGAGTCGAGCTTTTATCGAGCTGAGTCGAGTTTTTATCGAGCTGAGTCGAGTTTTTATCGAACTGAGTCTCAAATAGTTCACGAATAATTTAATTTATTTAAATGTATAATGAGTTTTAGTTTAAAACTAATAAGTTTAAAACTAAAATAATTTTAGATAAATAAGTATATCTACAAATTAGCATGTAAACTTATAAAAATGAGTTTTT
        TAGGGGTGTAAA GA CCGAGCC      GAGCC  GAGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
        |||||||||||| || |||||||      |||||  ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
        ATCCCCACATTT CT GGTTCGG      CTCGA  AGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
AGATAGTA            A  C       CAAGCA     TA    CCAAGCTAAGCTATTTTTGAGCTGGCTCAAGCTGAGCTAAAGATTTGCTCGGTTCGAGCTCGAATTAAAAATCCGAGCAAACCATTTGTTCGGTTTGAACTCGAGGTATCATAAGCCGAGCAATTTCGAGCACTTGAGCTGAGCAAAGACTCAAGTACTCGTCCGAGCGCTTATCTGAGCACTTATCAGAGCAATTCATTTGACTTTAATGATAATATTCTCTTTATTTGATTTGGGACGTATATGAAAGTACTCGGTTTAGACTTAAAAAATTTTAAGTAGAGATATATCAAATCAATGTGAGAATTTGAACGTATATAAATCTAGTGATTCTAAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1630010

ATGATAGATAGGGGTGTAAACGAACCGAGCCGAGCCGAGTTTTGAAGAGTTCAAGCTTGGTTCGTTAAAATTTTTTCGAGCTCGAGCCGAATTCGAGCTTTACTCATATCGAATTCGAGCCGAGTATTATGAAGTTCAAGCTTGGCTCGTTTAGCAAACGAACTTAGACGAGTCGAGCTTTTATCGAGCTGAGTCGAGTTTTTATCGAGCTGAGTCGAGTTTTTATCGAACTGAGTCTCAAATAGTTCACGAATAATTTAATTTATTTAAATGTATAATGAGTTTTAGTTTAAAACTAATAAGTTTAAAACTAAAATAATTTTAGATAAATAAGTATATCTACAAATTAGCATGTAAACTTATAAAAATGAGTTTTTAAATCTTAGTGATCTAAATATATGCAAGTTTAAGAGTGTAACTAAACTATATAGAGATGAATTTTAAAAAATTCAGATTTGGCTCATGAAAGTATATGCAGGGTTTAGTTTATTTCTCTTATAATAGTAATTTCAGTTTACTTAACGAGACTATTCACGAGTCTATTCGCGAGCCTGCTCATGAACTCAGAAACGAGTCGAGTTCACGAGCTTTAACGAGCCGAATACTATGGAGCTCAAGTTTGGCTTGTTTACCAAACGAGCCTAAAAATTAAGCTCGAGCTTGGCTCGTTTAGAAATCGAGTCGAACTCGGTCGAGTTTTTATCGAATCGAACCTCGAATAGCTCACGAACGGCTTGGCTCATTTACACCCCTAATGATAGA

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