Plant MITE

SE1630016

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2697
Manihot esculenta
SE1630016
hAT
Hat3
scaffold06960:183633-184344
TTGATTGG
GATTGGTAGGGGTGTAAACGAACCGAGCC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT                  C          ----       --    TGAAGAGCTCAAGTTTGGTTCGTTAAAATTTTTTCGAGTTCGAGCCGAATTCGAGCTTTACTCATATCGAACTCGAGCCGAGTATTAAGAAGTTCAAGTTTGGCTCGTTTAGCAAACGAGCTTAGACGAGTCGAGCTTTTATCGAGCTGAGTCTCGAATAGTTCACGAGCAATTTAATTTATTTACATGTATAATGAGTTTTAGTTTAAAACTAATAAGTTTAAAATTAAAATAATTTTAGTTAAATAAGTATATCTACAAATTAGCATGTAAACTTATAAAGATGAGTTTTTAAATCTTAATGATCCAAA
  GATTGGTAGGGGTGTAAA GAACCGAGCC    GAGCCGA  GCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
  |||||||||||||||||| ||||||||||    |||||||  ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
  TTAGTTATCCCCACATTT CTTGGTTTGG    CACTCGA  AGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
GG                  A          CAAG       TA    CTAAGCTAAGCTATTTTCGAGCTGGCTCGAACTGAGCTAAAGATTTGCTCGGTTCGAGCTCGAATTAAAAATCCGAACAAACCATTTACTCGGTTCGAACTCGAGGTATCATAAGCCGAGCAATTCCGAGCACTCGAGCCGAGCAAAGACTCAAGTACTCGTCTGAGCACTTATCCGAGCACTTGCCAATTTGACTTTAATGATAGTATTCTCTTTATTTGAGTTTGGGACGTATATAAAATTACTCGGTTTAGATTTAAAAAATTTTAAGTCGAGATATATCAAATCAATGTAAGAATTTGAACGTGTAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1630016

TTGATTGGTAGGGGTGTAAACGAACCGAGCCGAGCCGAGCTTTGAAGAGCTCAAGTTTGGTTCGTTAAAATTTTTTCGAGTTCGAGCCGAATTCGAGCTTTACTCATATCGAACTCGAGCCGAGTATTAAGAAGTTCAAGTTTGGCTCGTTTAGCAAACGAGCTTAGACGAGTCGAGCTTTTATCGAGCTGAGTCTCGAATAGTTCACGAGCAATTTAATTTATTTACATGTATAATGAGTTTTAGTTTAAAACTAATAAGTTTAAAATTAAAATAATTTTAGTTAAATAAGTATATCTACAAATTAGCATGTAAACTTATAAAGATGAGTTTTTAAATCTTAATGATCCAAATATGTGCAAGTTTAAGAATGTAACTAAACTATATAGAGCTGAATTTTAAAAAATTTAGATTTGGCTCATTAAAATATATGCAGGGTTTGAGTTTATTTCTCTTATGATAGTAATTTCAGTTTAACCGTTCACGAGCCTATTCACGAGTCTGCTCATGAACTCAGAAACGAGCCGAGCTCACGAGCCTTAACGAGCCGAATACTATGGAGCTCAAGCTTGGCTCATTTACCAAACAAGCCTAAAAATTAAGCTCGAGCTTGGCTCGTTTAGAAATCGAGTCAAGCTCGGTCGAGCTTTTATCGAATCGAATCTCGAATAGCTCACGAACGGTTTGGTTCATTTACACCCCTATTGATTGG

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