Plant MITE

SE1630019

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2700
Manihot esculenta
SE1630019
hAT
Hat3
scaffold09576:51523-52264
GTTTCGGT
TCGGTTAGGGGTGTAAACGAACCGAGTCG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTT    --             C           ----A     --    TGAAGAGCTCAAGCTTGGTTCGTTAAAATTTTTTCGAGCTCGAGTCGAATTCGAGCTTTACTCATTTCGAACTCGAGCCGAGTATTAAGAAGCTCAAACTTGGCTTGTTTAGCAAACGAGCTTAGACGAGTCGAGTTTTTATCGAGCTGAGTCGAGCTTTTATCGAGCTTAATCTCGAATAGTTCACGAGTAGTTTAATTTATTTACATGTATAATGAGTTTTAGTTTAAAACTAATAAGTTTAAAACTAAAATAATTTTAGTTAAATAAGTATATCTACAAATTAGCACGTAAACTTATAAAGATAAGCTTTTAAATCTTAATGA
   TCGG  TTAGGGGTGTAAA GAACCGAGTCG     GCCGA  GCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
   ||||  ||||||||||||| |||||||||||     |||||  ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
   GGCT  GATCCCCACATTT CTTGGTTTAGC     CTCGA  AGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
  T    TT             A           AAGCA     TA    CTAAGCTAAGCTATTTTTGAGCTGGCTCGAGCTGAGCTAAAGATTTGCTCGGTTTGAGCTCGAATTAAAAATCCGAGCAAACCATTTGCTCGGTTCGAACTCGAGGTATCATAAGCCGAGCAATTCCGAGTACTCGAACCGAGTAAAGACTCAAGTACTCGTCCGAGTGCTTATCCGAGCACTTGTCAGAGCAATTCATTTGACTTTAATGATAGTATTCTCTTTATTTGAGTTTGGGACGTATATGAAAGTACTCGGTTTAGATTTAAAGGATTTTAAGTCGAGATATATCAAATCAATGTGAGAATTTGAACGTATATAAACCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1630019

GTTTCGGTTAGGGGTGTAAACGAACCGAGTCGAGCCGAGCTTTGAAGAGCTCAAGCTTGGTTCGTTAAAATTTTTTCGAGCTCGAGTCGAATTCGAGCTTTACTCATTTCGAACTCGAGCCGAGTATTAAGAAGCTCAAACTTGGCTTGTTTAGCAAACGAGCTTAGACGAGTCGAGTTTTTATCGAGCTGAGTCGAGCTTTTATCGAGCTTAATCTCGAATAGTTCACGAGTAGTTTAATTTATTTACATGTATAATGAGTTTTAGTTTAAAACTAATAAGTTTAAAACTAAAATAATTTTAGTTAAATAAGTATATCTACAAATTAGCACGTAAACTTATAAAGATAAGCTTTTAAATCTTAATGATCCAAATATATGCAAGTTTAAGAGTGTAACTAAACTATATAGAGCTGAATTTTAGGAAATTTAGATTTGGCTCATGAAAGTATATGCAGGGTTTGAGTTTATTTCTCTTATGATAGTAATTTCAGTTTACTTAACGAGACTGTTCACGAGCCTATTCGTGAGCCTGCTCATGAACTCAGAAATGAGCCAAGCTCATGAGCCTTAACGAGCCGAATACTATGGAGCTCAAGCTTGGCTCGTTTACCAAACGAGCCTAAAAATTAAGCTCGAGTTTGGCTCGTTTAGAAATCGAGTCGAGCTCGGTCGAGTTTTTATCGAATCGAATCTCGAATAGCTCACGAACGATTTGGTTCATTTACACCCCTAGTTTCGGT

Copy Cancel