Plant MITE

SE4240015

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2783
Cajanus cajan
SE4240015
CACTA
Ca1
CcLG11:34060920-34061677
AGA
CACTACAACAAAATTTATTTTTAATGACAATTATTTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AGA       A       TA     -AA  A      -    ---A      --- AATTTAATTGCCACCATATGTAAAAATATTAATGGCTAATATATAATAGCCACTAAAAATATATTTATATTACACTAAAGTTTACTATTAGCGACAATTATTTAGAAAAAACTTAAGTCCCACATTGATTAGAGATAAGATAATTAAATAGTATATAAGTGAGTAATAACTATCACCTTACAGGTTCATTTTATAGGGTTGACTCCTAATTCACTATTCTAAATTGGTATCAAATCACTCATTGTTACCAACTTCAATAGTGCTATAAAACAATTAGAGACCAACTTTGACCTTATAAATCTCACATTGCTTAAAAGACAACATAAT
   CACTACA CAAAATT  TTTTT   TG CAATTA TTTA    TGGCAA   T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
   ||||||| |||||||  |||||   || |||||| ||||    ||||||   |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
   GTGATGT GTTTTGA  AAAAA   AC GTTAAT GAAT    AATCGC   T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
AGA       G       TC     AAC  C      T    AATA      CAG ATATTTACCGGTATTAAAAAAATGGTCGTAAATTAATTACCGACCACATAGGTCACAGCGATTATGATAATGGCCGTAAATATATTTTACGGCCATTTCTAGATGATTTAACAGCCTTTTTAAATAAAAAAAATCACCGTTAAGATCATCGGTAAAATTTCCGATAATTTTCAATAAAAAAAGTTAACAGAGGAAATGAAATTTATTAAATAAGGATATTAAAGTAAAAGATTTAAGTATTGAATATATGAAAAAATAGAGATGAGCTATACTCTAAACATTCTACTCTCAACAGAAAATAAATATATAAAAAATTAAATAAAAAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4240015

AGACACTACAACAAAATTTATTTTTAATGACAATTATTTAATGGCAATAATTTAATTGCCACCATATGTAAAAATATTAATGGCTAATATATAATAGCCACTAAAAATATATTTATATTACACTAAAGTTTACTATTAGCGACAATTATTTAGAAAAAACTTAAGTCCCACATTGATTAGAGATAAGATAATTAAATAGTATATAAGTGAGTAATAACTATCACCTTACAGGTTCATTTTATAGGGTTGACTCCTAATTCACTATTCTAAATTGGTATCAAATCACTCATTGTTACCAACTTCAATAGTGCTATAAAACAATTAGAGACCAACTTTGACCTTATAAATCTCACATTGCTTAAAAGACAACATAATTAAAAAATAAATTAAAAAATATATAAATAAAAGACAACTCTCATCTTACAAATCTCATATCGAGTAGAGATAAAAAAGTATATAAGTTATGAATTTAGAAAATGAAATTATAGGAATAAATTATTTAAAGTAAAGGAGACAATTGAAAAAAATAACTTTTAATAGCCTTTAAAATGGCTACTAGAATTGCCACTAAAAAAAATAAATTTTTCCGACAATTTAGTAGATCTTTACCGGCATTTTATATAAATGCCGGTAATAGTATTAGCGACACTGGATACACCAGCCATTAATTAAATGCTGGTAAAAAAATTATGGCCATTTATATGACCGCTAAATAATAAGTTAATTGCCACAAAAAAACTAGTTTTGGTGTAGTGAGA

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