Plant MITE

SE4240123

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2891
Cajanus cajan
SE4240123
CACTA
Ca5
CcLG02:24626469-24627263
AGT
TCACTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AG      CTACATTTTAATTC             TCTTTCTTACATTTGTT           AT  GT  A      -AG    T     ----------------       GTTTTTGAAAAATGTTATTATATATAGAGTAATATTTTTTATTTCAGTATTATTATTTCCAATTGTTTTCAAATCAAAATCTCATATCGAGTAAAAAAATATTGCATAGGTTATTTTGCAACATTTTTTGAAAAAAGTTACTATAGATAAGTAACATTTTTTTTTTATCTTAACATTATTCTTTCTAATTGCTTTTAAAATTAAAGTCTCACATCGAGTAAAAAAAATATTTCTCTCATTTATAATTGTTATCCATAATTAAAGTCTCACATCGAATAAATGAATGACTCATAAAGAGT
  TCACTA              TTTAGCAATATTT                 AAAATGTTACT  AT  TG ATAAAT   GTTA TTTGC                AACATTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
  ||||||              |||||||||||||                 |||||||||||  ||  || ||||||   |||| |||||                |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                           A
  AGTGAT              AAATCGTTATAAA                 TTTTATAATGG  TA  AC TATTTA   CAAT AAACG                TTTACAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
TG      ATTATATTTCTCAA             ---------------CT           AT  AT  A      CGA    T     AAACATCATATAATAA       CATATATCAAGTATAACGATTTCTGAAATTTATTGTAAAAATATATAATTCATTATAAAAAGTTTACAATAGTTTCACCATAAAAACATAGTAAAATTACTACAAAGATTCAAGAACAATTGAAATATTTCACTATTAATCAAAATTAAATCTATAACGATAGTTAATTATATAAAAATACGGAGTATTTGAGTATCCTTAAGAAATTCTTTTCCAACTTCTGTAAAAATTAATCAGTGTTGATTAATAGTAGTTTATAGTTTCAAGTAAATAGAATTCATATTGATATACTAATATAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4240123

AGTCACTACTACATTTTAATTCTTTAGCAATATTTTCTTTCTTACATTTGTTAAAATGTTACTATATGTTGAATAAATAGGTTATTTTGCAACATTTGTTTTTGAAAAATGTTATTATATATAGAGTAATATTTTTTATTTCAGTATTATTATTTCCAATTGTTTTCAAATCAAAATCTCATATCGAGTAAAAAAATATTGCATAGGTTATTTTGCAACATTTTTTGAAAAAAGTTACTATAGATAAGTAACATTTTTTTTTTATCTTAACATTATTCTTTCTAATTGCTTTTAAAATTAAAGTCTCACATCGAGTAAAAAAAATATTTCTCTCATTTATAATTGTTATCCATAATTAAAGTCTCACATCGAATAAATGAATGACTCATAAAGAGTATATATAATCATATAGTTATACTTAAGATAAATGAACTTTGATATTTGATGATAATTAGTTGTGACTAATTAAAAATGTCTTCAACCTTTTCTTAAAGAATTCCTATGAGTTTATGAGGCATAAAAATATATTAATTGATAGCAATATCTAAATTAAAACTAATTATCACTTTATAAAGTTAACAAGAACTTAGAAACATCATTAAAATGATACAAAAATACCACTTTGATAACATTTGAAAAATATTACTTAATATATAAAAATGTTATTTAAAGTCTTTAGCAATATGAACTATATACAACATTTAATAATATACTACAAAGCAAATTAACAGCATTTATACATAATTAGGTAATATTTTTCAAATATTGCTAAAAACTCTTTATATTATAGTGAGT

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