Plant MITE

SE4230161

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_2929
Cajanus cajan
SE4230161
hAT
Hat14
Scaffold134207:8625-9195
GGCTGAAC
GGC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

       TGAA       C               -       GGGCCAACCCGGCCCACCTTGAAAACGGGCCGGCTGGGCCCAAAAAAATTAAAGTTTTATAATAGGTGGGTATATCTCAACCCGGCCCACTTTGACCCGGCCCACCTGGGCTAAACTCGTGGTGGGCCGGGTAGCCCACCAACCCACCATTTTTTTTTCAATAAAAATTTAAGTATGATTTGTAGTTAATTTTGTATGATGGGATATTGAAAATTTTTATTTTAGACTTTTATCATGATTTGTATTTA
    GGC    CTAGAGC GTCAAAGTGGGTCGG GACCCGT                                                                                                                                                                                                                                                        
    |||    ||||||| ||||||||||||||| |||||||                                                                                                                                                                                                                                                         
    TCG    GATCTCG CAGTTTTGCCCGGTC GGCCGGG                                                                                                                                                                                                                                                        
CAAG   ----       A               G       TACACCCGGCCGGGTGGAACTGGGTGAAATTTTTACTCGGTTGGGTTGGGCCGGGTGAAAATTAAAAGAGTTTTTTTTAAACCGGGCCGGGGTGGGTGGTACCCAACCACCCAATATGCCCGGTCGGGTGGTTTTTAAATTTTTTTTAATAGTTATTTTAAGTTTAAAAATTTAATTAATATTTAATTGTATTATCAGTATTTTAATCGTAGTGATTATCAGTATTCAGTATTGAGTAGTATGTTTCA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4230161

GGCTGAACTAGAGCCGTCAAAGTGGGTCGGGACCCGTGGGCCAACCCGGCCCACCTTGAAAACGGGCCGGCTGGGCCCAAAAAAATTAAAGTTTTATAATAGGTGGGTATATCTCAACCCGGCCCACTTTGACCCGGCCCACCTGGGCTAAACTCGTGGTGGGCCGGGTAGCCCACCAACCCACCATTTTTTTTTCAATAAAAATTTAAGTATGATTTGTAGTTAATTTTGTATGATGGGATATTGAAAATTTTTATTTTAGACTTTTATCATGATTTGTATTTAACTTTGTATGATGAGTTATGACTTATGACTATTAGTGATGCTAATTTTATGACTATTATGTTAATTTATAATTAATTTAAAAATTTGAATTTTATTGATAATTTTTTTTAAATTTTTGGTGGGCTGGCCCGTATAACCCACCAACCCATGGTGGGTGGGGCCGGGCCAAATTTTTTTTGAGAAAATTAAAAGTGGGCCGGGTTGGGTTGGCTCATTTTTAAAGTGGGTCAAGGTGGGCCGGCCCACATGGGCCGGGCTGGCCCGTTTTGACAGCTCTAGGCTGAAC

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