SE4230163

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_2931
  • Cajanus cajan
  • SE4230163
  • hAT
  • Hat15
  • CcLG10:18005765-18006441
  • ATTGAAAT
  • ATTGAAATTAGGGGTGTAAGCGGGTACGAGT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
   GA                    A  A  -A  C --    AC TAGACTGACTCAAAACCAATCCAATGAGTTTAGATTGAATTTTTTCAGTATTCGAGTTAAACCCAATCCAACCTGATCAAAACTCGATATTGCACGTGTTAGGTAACTGATTTTGTGTTTTCAATTTATTATCGACCCAACCCAACTCGATCATATATAATAATAATAATATTTAAATGATCATTTGCTCAGAACAATGCTCATTGTCACTCTTACTTAGTAACAAATTTTGTGTTTTAGATTGATAACATTATAACAAATATAATATATTTATTTTAAATTTTATTTTGTATTAA
ATT  AATTAGGGGTGTAAGCGGGT CG GT  AC T  GCAA  C                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
|||  |||||||||||||||||||| || ||  || |  ||||  |                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
TAA  TTAATCCCCACATTCGTCCA GC CA  TC A  TCAA  A                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
   AG                    -  C  AC  - GC    -- CCTATTTGAACAATGAACTAGATTAGTTTTAATTGCCCAACTTAACTTAACTTAAACATGTTAAAAAAAAAAAATTTAAGTTAGATTGGATTAGGTTAGTATTTGCCCATCCTAATCCAATTAGTCTAGTTGTATTAATATAAATAAATAAAAAACATTTTTAAATTTATAAAATTTTATCTATATAACAACGTTTAACTTACAATAATTAAATATTTCATTTGTTATTATGTTTAATTTAAGATTTTATTTAAATAATTAAACAACGTAATAATAGTTGAGTTTTAATTATAATT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End