SE4220168

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_2936
  • Cajanus cajan
  • SE4220168
  • Mutator
  • M16
  • CcLG06:19124365-19124757
  • TTAAATTAA
  • TAAATTAAGGTTTAAATATATTTTTAGTCTCTCAAATTTAAGATAAATTTATTTTTAGTCTCTTAAATTTAAAATTGTTATTTTTAGTTTCTGTAATTTCAAAAAATCTTATTTTAGTCCTTA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
T   A               A                         AA         A                                          CA         A        -    TATTCAAATTTTGTTA   AA    TCAAACATTATTGCATAAAATCTATCTATTGATATTCCTATTAGTGAAAATATCACA
 TAA TTAAGGTTTAAATAT TTTTTAGTCTCTCAAATTTAAGATA  TTTATTTTT GTCTCTTAAATTTAAAATTGTTATTTTTAGTTTCTGTAATTT  AAAAATCTT TTTTAGTC CTTA                AGA  TTTA                                                         
 ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||                |||  ||||                                                          
 ATT AATTCCGAATTTATA AAAAATCAGGGAGTTTAAATTCTAT  AAATAAAAA CAGAGAGTTTAAATTTTGACAATAAAAATCAGGGACATTAAA  TTTTTAGAA AAAATTAG GAAT                TCA  GTGG                                                         
A   A               C                         --         A                                          AA         C        A    ----------------   --    TTATTGTATAAACTTTCACTGATTAATTCTGTTAATACGTTATAGTTGTCCTAAATT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End