Plant MITE

SE0530043

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3008
Capsella rubella
SE0530043
hAT
Hat6
scaffold_6:9566987-9567544
GTTACAAG
AAGTAGGCATGACCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTTAC  G            AAA   A  C     C  ---     TAACCGTAACCGGACCGTTTATCAACCGTAACCGGACCGTAACCGTATAAAACGGTTAAAAATTGTAACCGTTAACCGTAAAAGTAAATTAGTTACGGTTAAAAAATAATAATAACCGTAACCGTTAATTAACCGTAACCATAATTAACCGTAATTAATCGTCGGTTAACCGTACGGTTAAACGCTCGGTTAACCGCATATTTAAAATTTTAAAATAAATTATATTATAACTGTATA
     AA TAGGCATGACCA   GCT AC TTAAC GT   ATTTT                                                                                                                                                                                                                                             
     || ||||||||||||   ||| || ||||| ||   |||||                                                                                                                                                                                                                                              
     TT ATCCGTACTGGT   CCA AT GCCAA TT   CCAAT                                                                                                                                                                                                                                             
GAACA  G            --G   -  -     -  ACG     ACCAATTAATTGGTGGCCAATTGCCAATATTAAAAAATTGGTATTGGAATTAGTAATATATATGCCAATTCTGCCAATGCCAATATATGCCAATGCCAATTTATGCCAATGCCAATAAACTACTAATAATATTATAATTATAACCTCTATTTTAAAATACTTTATAATAAATAAAATGTTCATTTTTTATATAGACTAAAGTTAATAAATATCACTTAATCAATTTAGACCCATAAC

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0530043

GTTACAAGTAGGCATGACCAAAAGCTAACCTTAACCGTATTTTTAACCGTAACCGGACCGTTTATCAACCGTAACCGGACCGTAACCGTATAAAACGGTTAAAAATTGTAACCGTTAACCGTAAAAGTAAATTAGTTACGGTTAAAAAATAATAATAACCGTAACCGTTAATTAACCGTAACCATAATTAACCGTAATTAATCGTCGGTTAACCGTACGGTTAAACGCTCGGTTAACCGCATATTTAAAATTTTAAAATAAATTATATTATAACTGTATACAATACCCAGATTTAACTAATTCACTATAAATAATTGAAATCAGATATATTTTTTACTTGTAAAATAAATAATATTTCATAAAATTTTATCTCCAATATTAATATTATAATAATCATCAAATAACCGTAACCGTATTTAACCGTAACCGTATATAACCGTAACCGTCTTAACCGTATATATAATGATTAAGGTTATGGTTAAAAAATTATAACCGTTAACCGGTGGTTAATTAACCATAACCGCATTAACCGTAACCGTGGTCATGCCTAGTTACAAG

Copy Cancel