Plant MITE

SE0550062

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3027
Capsella rubella
SE0550062
PIF/harbinger
To22
scaffold_6:14888032-14888581
ACA
GAGGTCGATTGGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

ACA    T        AACG  T    CTTGTGACTGTAGAGACTTTAACTTTAAAATTTTGGCTGTAGAGAATTTGGCTGTAGATGCTCTGGCTGTAGAAACTTTTACTGTTAAAATCTGATTGGCAATGAATAGCTTTTAAAGTTATGTATGTTATTATTATTATTATTATTTTATATTTCTAATAAATATACATTATATCATAAATGAATTTATAAAATAAAAGTATTATTGAAATGGATCTTAAAAGAACAAGAAAAAAATGAGAGTAATTAA
   GAGG CGATTGGT    AC GTTA                                                                                                                                                                                                                                                          
   |||| ||||||||    || ||||                                                                                                                                                                                                                                                           
   CTCC GCTAACCA    TA CTGA                                                                                                                                                                                                                                                          
ACA    C        ---C  -    AAATTCCGAAATTTTGGTAAAATTTAGGAATTGTCATTAATTAAACGGTTAGTTGTAAAAAAAGAAAATAAAAAAAATTTCGTAATTTTCAGTGAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAGAGTAAAAAGAATTTTGCAGTTTTTGGACTGAAATTTAAATTAGTTAATTTTTCTAAATAAAAAGTATAGGGGTAATGTAAATTTTGGAAAAGTGTTCAAATATTTATATAAAATATATAAAATAAAAATATTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE0550062

ACAGAGGTCGATTGGTAACGACTGTTACTTGTGACTGTAGAGACTTTAACTTTAAAATTTTGGCTGTAGAGAATTTGGCTGTAGATGCTCTGGCTGTAGAAACTTTTACTGTTAAAATCTGATTGGCAATGAATAGCTTTTAAAGTTATGTATGTTATTATTATTATTATTATTTTATATTTCTAATAAATATACATTATATCATAAATGAATTTATAAAATAAAAGTATTATTGAAATGGATCTTAAAAGAACAAGAAAAAAATGAGAGTAATTAATTTATAAAAATAAAATATATAAAATATATTTATAAACTTGTGAAAAGGTTTTAAATGTAATGGGGATATGAAAAATAAATCTTTTTAATTGATTAAATTTAAAGTCAGGTTTTTGACGTTTTAAGAAAAATGAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGTGACTTTTAATGCTTTAAAAAAAATAAAAGAAAAAAATGTTGATTGGCAAATTAATTACTGTTAAGGATTTAAAATGGTTTTAAAGCCTTAAAAGTCATCACCAATCGCCCTCACA

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