Plant MITE

SE4520081

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3169
Cannabis sativa
SE4520081
Mutator
M12
scaffold7407:19777-20174
TATTAAAAA
AGGGTGTCTACACATTTGG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TATTAAAA    T  C   A       --TACCC      TTATCTAAATACAAGTTTGGTACCCTGTATTTTTAATAATGCTTATTTGGGACCTTGTATTTTACAATCATACGTATTTGGTACCCTAAATTCAAATTTTTTTGATAAAATTTAATCAATACAATCAATTTACTAAAATTTTATGAATTCTGAATTCAAA
        AGGG GT TAC CATTTGG       TGTATT                                                                                                                                                                
        |||| || ||| |||||||       ||||||                                                                                                                                                                 
        TCCC TA ATG GTAAATC       ACAAAA                                                                                                                                                                
AAAAATTA    T  T   A       CTAGAAC      ATACCTTTTGTATAAACCATGGAATACAAAAGTTATTATGAATTAACCATGGAGTATAAAAATTTGATATGTATAAATCATGGAATTTTATTTTAAATTAGTTATGTCAAAATAATTAAATTGGTTTGTCAAGAGTTAATATACAATAGTTTATTTTTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4520081

TATTAAAAAGGGTGTCTACACATTTGGTACCCTGTATTTTATCTAAATACAAGTTTGGTACCCTGTATTTTTAATAATGCTTATTTGGGACCTTGTATTTTACAATCATACGTATTTGGTACCCTAAATTCAAATTTTTTTGATAAAATTTAATCAATACAATCAATTTACTAAAATTTTATGAATTCTGAATTCAAATTTTTTTATTTGATAACATATAATTGAGAACTGTTTGGTTAAATTAATAAAACTGTATTGATTAAATTTTATTTTAAGGTACTAAATATGTATAGTTTAAAAATATGAGGTACCAATTAAGTATTATTGAAAACATAAGGTACCAAATATGTTTTCCATAAAAACACAAGATCCTAAATGAGTATATTCCCTATTAAAAA

Copy Cancel