Plant MITE

SE4330042

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_3333
Linum usitatissimum
SE4330042
hAT
Hat14
scaffold12:414445-415062
GGTTGGGC
GGTTGGGCTAAGGATGGCAA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 G    G             -   GTGGGTATGGATATGGGTTATGCATTTCCATTACCCACCCGCCTAGTCGTCGGGTTTTACCCGTACCCACCCGTATATATAAATGGGCATAAATTTTAAACCGTATCCACCCGTTAACGGGTGTCGGATTTACCCTTTTAATTTTAAACCTGATTACTAAATATAATTTTTTATTCAATAAACAAATTAAAAAATTATTAATGTTTTTAGATTAGATGAAAATTTAAGGAAAACATACTCACACATTTCCCGATTTGTAGGAAGATAAGGGGGAAAATGCATTCA
G TTGG CTAAGGATGGCAA CGG                                                                                                                                                                                                                                                                                             
| |||| ||||||||||||| |||                                                                                                                                                                                                                                                                                             A
C GGTC GATTCCTACCGTT GGG                                                                                                                                                                                                                                                                                             
 G    G             T   TTGGGCCCTAAACCCATGGGTGGGCTTTGGGTGGGTGGGTGGTGCCCGTCTTTAATAAGCCAGTTTCACTGAGCAACTGCGTATGCCCATGTGGGCTTTGGACTCTGATAGCCCATCGCCCGCTCCTGCTTAAATCATCATAGGCGGGACTATGGGTTGGTTACCCATTGGGCTGTTATATAATACAGTAAAGGGGAGTTTTATAAGATGGAATTAAAGTTTAAAAGTTAACAATCTAGGTTGAGGTTGAGATATTATTCCCAAGATAGCCGTTTTTAACACAAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE4330042

GGTTGGGCTAAGGATGGCAACGGGTGGGTATGGATATGGGTTATGCATTTCCATTACCCACCCGCCTAGTCGTCGGGTTTTACCCGTACCCACCCGTATATATAAATGGGCATAAATTTTAAACCGTATCCACCCGTTAACGGGTGTCGGATTTACCCTTTTAATTTTAAACCTGATTACTAAATATAATTTTTTATTCAATAAACAAATTAAAAAATTATTAATGTTTTTAGATTAGATGAAAATTTAAGGAAAACATACTCACACATTTCCCGATTTGTAGGAAGATAAGGGGGAAAATGCATTCAAGAACACAATTTTTGCCGATAGAACCCTTATTATAGAGTTGGAGTTGGATCTAACAATTGAAAATTTGAAATTAAGGTAGAATATTTTGAGGGGAAATGACATAATATATTGTCGGGTTACCCATTGGTTGGGTATCAGGGCGGATACTACTAAATTCGTCCTCGCCCGCTACCCGATAGTCTCAGGTTTCGGGTGTACCCGTATGCGTCAACGAGTCACTTTGACCGAATAATTTCTGCCCGTGGTGGGTGGGTGGGTTTCGGGTGGGTACCCAAATCCCGGGTTGGGTTTGCCATCCTTAGGCTGGGC

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