Plant MITE

SE2050068

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5270
Medicago truncatula
SE2050068
PIF/harbinger
To7
MtChr8:3826620-3827334
TTA
AGGCCCTGTTTGGATAAACAGCTTATAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT               AA  --------         A      TATGGCATTAGGGCTTATAACATTAGAGCTTACGTCATAAGCTCTTATACTTAATAAGCTATTTATGTTTGGATATGTACACTAAAAAGTACTTACATAAATTGAAGTGTTTGGATCTACATTACATAAGCAATTATCGAAATTTTAAATATTTTTAATTTAACAAAAAAATCAAAAAATCGAACCGCAAAAATCAAAGATAATAGTGTAAAGTTTGTTACCAAAAAAAGACAAGTTAAGTTTGTTTTATTTATTCAGTTTCATTTTGTTACGTAACAAAAAAATAAAAAAAATCTTCCTTCAAAAAAAAAATATCT
  AGGCCCTGTTTGGAT  AC        AGCTTATAT GATGCT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
  |||||||||||||||  ||        ||||||||| ||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
  TCCGGGGCAAACCTA  TG        TCGAATATA CCCGAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
AT               AC  AATAAAAC         -      TAGATGAGGGTATACGGAAAAATTGTCACAAACCCATTTATTTATTTTTATCGAATAGTATCAAAGTATTCGACGAATACGGTATAAAATTATTCGTATTTAAAAGTCGAATGGGAGGTCGAATTGTTCCTCGAATACTTAAATACATTGGAGGAAGCTAAGAGAGACCTAGGTGAAAAAGTTTTGTATATAAAATTAAAAAAACGAAAACAAAAATCTTTGTTTTTATATAAAATTAATATTACAATCAATAGAAACCGCACGTACTCGTTGTTTTAACGATATATGAATAGAATGGTTTCATTGTGTGTATTGAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2050068

TTAGGCCCTGTTTGGATAAACAGCTTATATAGATGCTTATGGCATTAGGGCTTATAACATTAGAGCTTACGTCATAAGCTCTTATACTTAATAAGCTATTTATGTTTGGATATGTACACTAAAAAGTACTTACATAAATTGAAGTGTTTGGATCTACATTACATAAGCAATTATCGAAATTTTAAATATTTTTAATTTAACAAAAAAATCAAAAAATCGAACCGCAAAAATCAAAGATAATAGTGTAAAGTTTGTTACCAAAAAAAGACAAGTTAAGTTTGTTTTATTTATTCAGTTTCATTTTGTTACGTAACAAAAAAATAAAAAAAATCTTCCTTCAAAAAAAAAATATCTTAGTTATGTGTGTTACTTTGGTAAGATAAGTATATAGCAATTTTGTTGCTCATGCACGCCAAAGATAACTAACATTATAATTAAAATATATTTTTGTTTCTAAAAACAAAAGCAAAAAAATTAAAATATATGTTTTGAAAAAGTGGATCCAGAGAGAATCGAAGGAGGTTACATAAATTCATAAGCTCCTTGTTAAGCTGGAGGGTAAGCTGAAAATTTATGCTTATTAAAATATGGCATAAGCAGCTTATGAAACTATGATAAGCTATTTTTATTTATTTACCCAAACACTGTTAAAAAGGCATATGGGAGTAGATAAGCCCATATAAGCTCAAAATAAGTCAATCCAAACGGGGCCTTA

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