Plant MITE

SE2050210

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5412
Medicago truncatula
SE2050210
PIF/harbinger
To7
MtChr2:4727239-4727941
TCA
AGGCTCCGTTTGGAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TC               --------AAACAA TT     ---  TGCTTATATCATTAGAGCTTACATCATAAGCCCTTATACTTGATAAGCTATTTATGTTTGGATATGTACACTAAAAAGTACTTACATAAATTGAAGTGTTTGGATGTGACATTACATAAGCAATTATCGAAATTTTAAATATTTTTAATTTAACAAAAAAATCAAACAATCGAACCACAATTATCAATTTTTTTTGATAAAATTAATCAAGATGTAAAAAGCAATATTATAGATATCAGTGTTCAGTTTGTTACCAAAAAAGACAATTAAAGTTTGTTTTTTTAATTCAGTTTCAATTTGTTACGTAACAAAAA
  AGGCTCCGTTTGGAT              C  ATATA   GA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
  |||||||||||||||              |  |||||   ||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
  TCCGGGGCAAACCTA              G  AATAC   CG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
AC               ACCGAATAAAACAC --     ACC  AATAGATGAAGGTATTCAGAAAAATTTACACAAACCCATTTATTTATTTTTATCGAATAGTATCAAAGTATTCGACGAATACGGTATAAAAGTGTTCGGATTTAAAAGTCGAATGGGAGGCCGAATTGTTTCTCGAATACTTAAATACATTGGAGTAAGCTAATAGAGACTTAGGTGAAAAAGTTTTGTATATAAAGAAAAACAATCAATAGAAACGTACTCATTGTTTTAACGATATGAATGGAATGATTTCATATTGTGCATTGATTCAAAAAATAATAAATAAAAAAAAACCTTCCTTCTTAAAATAATAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2050210

TCAGGCTCCGTTTGGATAAACAACTTATATAGATGCTTATATCATTAGAGCTTACATCATAAGCCCTTATACTTGATAAGCTATTTATGTTTGGATATGTACACTAAAAAGTACTTACATAAATTGAAGTGTTTGGATGTGACATTACATAAGCAATTATCGAAATTTTAAATATTTTTAATTTAACAAAAAAATCAAACAATCGAACCACAATTATCAATTTTTTTTGATAAAATTAATCAAGATGTAAAAAGCAATATTATAGATATCAGTGTTCAGTTTGTTACCAAAAAAGACAATTAAAGTTTGTTTTTTTAATTCAGTTTCAATTTGTTACGTAACAAAAAAATAATAAAATTCTTCCTTCCAAAAAAAAATAAATAATAAAAAACTTAGTTACGTGTTATACTTTAGTAAGGTAAGTATAGCAATTTTGTTACTCATGCAAAGATAACTAACAAAAAGAAATATATGTTTTGAAAAAGTGGATTCAGAGATAATCGAATGAGGTTACATAAATTCATAAGCTCTTTGTTAAGCCGGAGGGTAAGCTGAAAATTTAGGCTTGTGAAAATATGGCATAAGCAGCTTATGAAACTATGATAAGCTATTTTTATTTATTTACCCAAACACATTTAAAAAGACTTATGGAAGTAGATAAGCCCACATAAGCACAAAATAAGCCAATCCAAACGGGGCCTCA

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