SE2050295

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_5497
  • Medicago truncatula
  • SE2050295
  • PIF/harbinger
  • To3
  • MtChr2:10650490-10651009
  • TTA
  • AGAGTGTGTTTGGATGTGGAAAT

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
TT                T  A   GTTT       A     TATTTTAAG      CAAATACTTTGAGGTGAATTCCATTGTTTGGATAATAATTTGAAGGATTTTCAAAATGATGAAAATTTATGAAATATTTGTTCAAGTTAAATTTAGAGAATTTCAAATGACACCTAAAAGTTAAGAATTTCAAAATTCTTCATTGCTATAATTTTTTAAATTTTGCATTTTGGTCCTCAAATTTTCCAAAATTTTCAATTTGACCCAAT
  AGAGTGTGTTTGGATG GG AAT    TGAGGGA TGTAA         GGAATT                                                                                                                                                                                                                 
  |||||||||||||||| || |||    ||||||| |||||         ||||||                                                                                                                                                                                                                 A
  TCTCACACAAACCTAC CC TTA    ACTCTTT ATATT         TCTTAA                                                                                                                                                                                                                 
AT                T  A   ----       A     ---------      ATTTTAAGATCCATTAAATTTATTAAGTTAATTTAATGAAAGTAAAGAGTTAAGAAAACAAACCTACCTCATTATTTTTTTAAGTAACAGTAGTAAAAACCCGTTGAAAATATTCAAAATTAAAAACCCGGTTTAAACTTTTTACTTTAATCCCCAGTTAAACGTTTAAATTTTTTTAAACCCCCAGTTAAACTTAAAAAAATATTTAA

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End