Plant MITE

SE2030397

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5599
Medicago truncatula
SE2030397
hAT
Hat20
MtChr6:21647975-21648612
ACAAGCAA
GCAATAGGGATGGCAATGGGTACCCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

ACAA  --AA             G  T     -    ATAGGGTACTACAATGTCCGTCTCCATACCCGCATTTATAAAAAATACCCGTACCCGTGCCCGTACCCTTGTGGGCAACAACTTTAGTCCCCTTCCCCATACCCTATGGGTACTTAATTACTCATACCCGCACTCATTACCCGCACTTTAACTATGGAAAAACAAAAAAAACATCACAAATGAAATAAAACTACGATCCCAATTTTTTAAAATTAACTCATAAAATAATATGAACTATGGTATTTAGTCAAATAGAAAACATCCGAAATATTCCTAAAAAATTAT
    GC    TAGGGATGGCAAT GG ACCCA ATGG                                                                                                                                                                                                                                                                                             
    ||    ||||||||||||| || ||||| ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                              
    CG    ATCCCTACCGTTA CC TGGGT TGGG                                                                                                                                                                                                                                                                                             
  AA  AACA             A  -     C    TTACCTATGGGCGTTTTTTATGGGTATTACCCATCCCATTTTGGGGCGAAAATACCCAGACCCGTGCCCATGCCCATTATGGGTTTTTTAATTTACCCATACCCGTGCCCATTCCCATGATATGACGGGTCTGGGCGTCTGGGCGTATACGTATAAATATATTATAGTATTTAATAAATAAATAAAAAATACATATTAATTAATTAAATAAATCAATAAATTCGGATTTGGATTTGAATTTGGTTTGTTGATGAATTATGTTATTGTTGAGGTAGTACGGCCACA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2030397

ACAAGCAATAGGGATGGCAATGGGTACCCAATGGATAGGGTACTACAATGTCCGTCTCCATACCCGCATTTATAAAAAATACCCGTACCCGTGCCCGTACCCTTGTGGGCAACAACTTTAGTCCCCTTCCCCATACCCTATGGGTACTTAATTACTCATACCCGCACTCATTACCCGCACTTTAACTATGGAAAAACAAAAAAAACATCACAAATGAAATAAAACTACGATCCCAATTTTTTAAAATTAACTCATAAAATAATATGAACTATGGTATTTAGTCAAATAGAAAACATCCGAAATATTCCTAAAAAATTATACACCGGCATGATGGAGTTGTTATTGTATTAAGTAGTTGTTTGGTTTAAGTTTAGGTTTAGGCTTAAATAACTAAATAAATTAATTAATTATACATAAAAAATAAATAAATAATTTATGATATTATATAAATATGCATATGCGGGTCTGCGGGTCTGGGCAGTATAGTACCCTTACCCGTGCCCATACCCATTTAATTTTTTGGGTATTACCCGTACCCGTGCCCAGACCCATAAAAGCGGGGTTTTACCCTACCCATTATGGGTATTTTTTGCGGGTATCCATTGGGTCTGGGTCCAATTGCCATCCCTAACAAGCAA

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