Plant MITE

SE2050469

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5671
Medicago truncatula
SE2050469
PIF/harbinger
To7
MtChr4:21029768-21030471
TAA
AGGCCCCGTTTGGAT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA               AAACA     TATA  T      ---   ATT        CATCATAAGCTCTTATATTTGATAAGCTATTTATGTTTGGATATGTACACTAAAGTACTTAAATAAATTGAAGTGTTTGGATCTGACATTACATAAGCAATTATCGAAATTTTAAATATTTTTAATTTAACAAAAAAATCAAAGAATCGAACCACAAAAATGAAAGATAATAGTGTATAGTTTGTTACCAAAAAAAGACAAGTTAAGTTTGTTTTATTTATTCAGTTTCTTTTTGTTACGTAACAAAAAAATAATAAAAATTTTCCTTCAAAAAAAAAATAATCTTAGTTATGTGTGTTA
  AGGCCCCGTTTGGAT     GCTTA    GA GTTTAT   GGC   AGAGCTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
  |||||||||||||||     |||||    || ||||||   |||   ||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
  TCCGGGGCAAACCTA     CGAAT    CT CGAATA   CCG   AATAGATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
AA               ---AC     TCAA  -      GAC   ---        AGGGTATTCGGAAAAATTTCCACAAACCCATTTATTTATTTTTATCGAATAGTATCAAAGTATTCGACGAATACGGTATAAAATTATTCGAATTTAAAAGTCGAATGGGAGGCCGAATTGTTTCTCGAATACTTAAATACATTGGAGGAAGCTAAGAGAGACCTAGGTGAAAAAGTTTTGTATATAAAATTAAAAAAAAAACAAAAACAAAAATCTTTGTTTGTATATAAAATTAATATTACAATCAATAGAAACTGCCACGTACTCATTGTTTTAACAATATATGAATAGAATGGTTTC

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2050469

TAAGGCCCCGTTTGGATAAACAGCTTATATAGATGTTTATGGCATTAGAGCTTACATCATAAGCTCTTATATTTGATAAGCTATTTATGTTTGGATATGTACACTAAAGTACTTAAATAAATTGAAGTGTTTGGATCTGACATTACATAAGCAATTATCGAAATTTTAAATATTTTTAATTTAACAAAAAAATCAAAGAATCGAACCACAAAAATGAAAGATAATAGTGTATAGTTTGTTACCAAAAAAAGACAAGTTAAGTTTGTTTTATTTATTCAGTTTCTTTTTGTTACGTAACAAAAAAATAATAAAAATTTTCCTTCAAAAAAAAAATAATCTTAGTTATGTGTGTTACTTTGGTAAGATAAGTATATAACAATTTTGTTACTCATGCACCGTCAAAGATAACTAACATTATAATTAAAATATATGTTTGTTTCTAAAAACAAAAACAAAAAAAAAATTAAAATATATGTTTTGAAAAAGTGGATCCAGAGAGAATCGAAGGAGGTTACATAAATTCATAAGCTCTTTGTTAAGCCGGAGGGTAAGCTGAAAATTTAAGCTTATTAAAATATGGCATAAGCAGCTTATGAAACTATGATAAGCTATTTTTATTTATTTACCCAAACACCTTTAAAAAGGCTTATGGGAGTAGATAAGCCCAGATAAGCTCAACTTAAGCCAATCCAAACGGGGCCTAA

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