Plant MITE

SE2050492

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5694
Medicago truncatula
SE2050492
PIF/harbinger
To17
MtChr3:42305161-42305892
TTA
T

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 T       TGTTTGGTAAAAATAACGGATAGCTGATAGCTTATAACTTTTAGCTGATAAACTAACTGAAGTGTTTGGTAAAAATAGCGGTTCAACTAGCTGATAAATGTAAAATGACATAAAGGGTATTCTTAATTCATAATAAAAATTATATCATTAATTTAAGTATTTGTAATTTTGAAACTAATTTTATTCACAAAAATTTTATCTTATATTTATTATTATTTAAGTGTTTCCACTTTATAAAGAAAATAACATTTATCTCAAAAACAAAAAAAAAGGTAGCACTAATAGAGTAATACGAATAACAAAGAATAAAGAAAATAACACTTACATAAAAAAAAAAAAAAGTAACACTTATAGAAT
  TAGGCTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
  |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A
  TCCCAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
AT       CAAACCCTTTGGGATTTTTTCTCGAAAATCGAATATCGAATATTCGAGCAAACTGTTTTTTTCAAAACAAACCATTGTAAAAAAGTGGTACTCGAATATCGAATAAAGTGCTCGAATATTCGATAAAAAGTCTTCAATAAGGTTCATCGCAAACTCGAATATTAAAGAGTGAAAAAGAAGGTTAAAATGGGAATAATAAAGTAAATTTAACATAAAAATAGGTAATATTAAAAATATTATTCGATGCATTATTTCTGATGATAGGGAAATAAGGTTAAAAACATATATATAGTCGACCGGAAAAAAAAATTTTTTATATATGGAAGCAAAAAAAAAAAAATGCTTTGTTTTATGATA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2050492

TTAGGCTCTGTTTGGTAAAAATAACGGATAGCTGATAGCTTATAACTTTTAGCTGATAAACTAACTGAAGTGTTTGGTAAAAATAGCGGTTCAACTAGCTGATAAATGTAAAATGACATAAAGGGTATTCTTAATTCATAATAAAAATTATATCATTAATTTAAGTATTTGTAATTTTGAAACTAATTTTATTCACAAAAATTTTATCTTATATTTATTATTATTTAAGTGTTTCCACTTTATAAAGAAAATAACATTTATCTCAAAAACAAAAAAAAAGGTAGCACTAATAGAGTAATACGAATAACAAAGAATAAAGAAAATAACACTTACATAAAAAAAAAAAAAAGTAACACTTATAGAATAATAGTATTTTGTTTCGTAAAAAAAAAAAAACGAAGGTATATATTTTTTAAAAAAAAAGGCCAGCTGATATATATACAAAAATTGGAATAAAGGGATAGTAGTCTTTATTACGTAGCTTATTATAAAAATTATAATGGATAAAAATACAATTTAAATGAAATAATAAGGGTAAAATTGGAAGAAAAAGTGAGAAATTATAAGCTCAAACGCTACTTGGAATAACTTCTGAAAAATAGCTTATAAGCTCGTGAAATAAGCTATAAGCTCATGGTGAAAAAATGTTACCAAACAAAACTTTTTTTGTCAAACGAGCTTATAAGCTATAAGCTAAAAGCTCTTTTTTAGGGTTTCCCAAACAAACCCTTA

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