Plant MITE

SE2030542

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5744
Medicago truncatula
SE2030542
hAT
Hat35
MtChr6:4070059-4070802
GTTGTACG
GTACGTAGGGGTGTACATGGGTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTT     --          CA      -----    AAACCCAAAAAACCCGTCAAACCCACCCAAAAAAACCCAAAAAAGTGGGTTGGGTTGGGTGATTGGGTGGATATGGTTTTAAAAAATGAAAAACCCATAAAAAATAATGGGTTTTGGGTAAAACCGGACCCATACCCAATAAACCAACTTACCCAATAATTTTCAAATTTTAATTTCATTTTCATAGGGAGGAAGAAGAATAACAAATGTTTTGATCATAAATTTAGTTTAATTTCTAAAATTGACACAACACATCCTCTATATTGAAAATAAAAAAAATATTATAGTTACAAATTATGATGTTGCAATTTATAGTTACTTTGATGCTAAAATAATTTT
   GTACG  TAGGGGTGTA  TGGGTT     GGGT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
   |||||  ||||||||||  ||||||     ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A
   CATGT  ATCCCCACAT  ACCCAA     CCCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
  G     TG          TC      CTAAA    ACCCAAACCGGTTTGGGTTCTGGGCTTGGTATAAACCATGAGGCCAAACCCAAACCATTTTATAGGTGGGCAATTTAATTACCCACCCAAACCCGTTTGGGTGATTAAAAGCCAAACCAAACCCAACCCATCACCCAATGGGTTTAAAAAAAAAATTATACTTTACTGATTTGCTACTCAAGAACATAAAAAAAGTATTTTTTAAAAGGTGAAAAATAAAAGAATTTTATTAATACATTGTATAAAAGTGATATAAAATCGTAGTATTTTATTATTTAAAATTATAATTTATTTTTTAAACTAGTAGCTTATGAACTTTATTTAATTTCAACCTACTGC

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2030542

GTTGTACGTAGGGGTGTACATGGGTTGGGTAAACCCAAAAAACCCGTCAAACCCACCCAAAAAAACCCAAAAAAGTGGGTTGGGTTGGGTGATTGGGTGGATATGGTTTTAAAAAATGAAAAACCCATAAAAAATAATGGGTTTTGGGTAAAACCGGACCCATACCCAATAAACCAACTTACCCAATAATTTTCAAATTTTAATTTCATTTTCATAGGGAGGAAGAAGAATAACAAATGTTTTGATCATAAATTTAGTTTAATTTCTAAAATTGACACAACACATCCTCTATATTGAAAATAAAAAAAATATTATAGTTACAAATTATGATGTTGCAATTTATAGTTACTTTGATGCTAAAATAATTTTACGTCATCCAACTTTAATTTATTTCAAGTATTCGATGATCAAATTTTTTATTTAATATTAAAATTTATTATTTTATGATGCTAAAATATAGTGAAAATATGTTACATAATTATTTTAAGAAAATAAAAAGTGGAAAATTTTTTATGAAAAAAATACAAGAACTCATCGTTTAGTCATTTCATATTAAAAAAAAAATTTGGGTAACCCACTACCCAACCCAAACCAAACCGAAAATTAGTGGGTTTGCCCAAACCCACCCATTAATTTAACGGGTGGATATTTTACCAAACCCAAACCGGAGTACCAAATATGGTTCGGGTCTTGGGTTTGGCCAAACCCAACCCAAATCAACCCACTTACACCCCTAGTTGTACG

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