Plant MITE

SE2030725

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5927
Medicago truncatula
SE2030725
hAT
Hat35
MtChr2:12741676-12742391
CATAGCTA
TAGGGGTGTTTGTGGATGGGTTTGGGTTGAATTTGGTCAAACCCAAGACCAAACCAAATAGAG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CATAGCTA               -A      --- G  TT                 AGA     CC        TACTCCAGTTT      GGTAAAATAATCATCCGTTATACTATTGAGTGAGTTTGGGCAAACTCACTAATTTTTGGGTTGGGTTGGATTGGGTAATGGGTTACCCAACTTATTTTTCTATTTTTTTAAAATTAAATGACTAAATAACAAGTTCTCGTAATTTTGATTTAAAATAGTACTCAACTTATTAATTTTCTTAAAAAAAATGTTTAACTTATTTTACTATAATTTTATGCATCATATAATATCAAATAATAAACTTCATCATAAAATACTTGCAACAAATTAAA
        TAGGGGTGTTTGTGG  TGGGTT   T GG  GAATTTGGTCAAACCCA   CCAAA  AAATAGAG           GGGTGA                                                                                                                                                                                                                                                                                
        |||||||||||||||  ||||||   | ||  |||||||||||||||||   |||||  ||||||||           ||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                A
        ATCCCCACAAGTACC  ACCCAG   G TC  TTTAGGCTAGTTTGGGT   GGTTT  TTTGTTTT           CCCAAC                                                                                                                                                                                                                                                                                
ATCAATAC               CA      TTG G  -T                 --G     --        ----TTTTTTT      CCAACCCATTAACTCACCTATACCAAAGATTTTTAATTTTTGTGTATGTTTATTTACCCAAAGTCCATTTTGGTCTGGGTTTGGGTTTTTTGGGTGAATGGGTTATTACAATTATAAAAAAATAGAAATAAAAGTGTACCATCTTCTTTCAATATAAAGGTTTTGTATGTGTAACATGGGATATATAATTTTTAGTTTTGTATGATCTCAATGTTTAATTATACAACGTGAAAAACCAATAAAACTATAATTACGTTAAAATACAGTACGTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2030725

CATAGCTATAGGGGTGTTTGTGGATGGGTTTGGGTTGAATTTGGTCAAACCCAAGACCAAACCAAATAGAGTACTCCAGTTTGGGTGAGGTAAAATAATCATCCGTTATACTATTGAGTGAGTTTGGGCAAACTCACTAATTTTTGGGTTGGGTTGGATTGGGTAATGGGTTACCCAACTTATTTTTCTATTTTTTTAAAATTAAATGACTAAATAACAAGTTCTCGTAATTTTGATTTAAAATAGTACTCAACTTATTAATTTTCTTAAAAAAAATGTTTAACTTATTTTACTATAATTTTATGCATCATATAATATCAAATAATAAACTTCATCATAAAATACTTGCAACAAATTAAAATTGCATGACATAAAATTGCATTAATATCAAAATAACCAAAAAGTGCAACATATTAATTTGTAACTCTAGTATGTTTTGATTTTTAATATATAGGGTACAATGTGTATGTTTTGGAAATATAACTTTCTTCTACCATGTGAAAATAAAGATAAAAAAATATTAACATTATTGGGTAAGTGGGTTTTTTGGGTTTGGGTCTGGTTTTACCTGAAACCCATTTATTTGTATGTGTTTTTAATTTTTAGAAACCATATCCACTCAATTACCCAACCCAACCCTTTTTTTTTTTGTTTTTTGGGTGGGTTTGATCGGATTTTCTGGGTTGACCCAACCCATGAACACCCCTACATAACTA

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