Plant MITE

SE2020794

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_5996
Medicago truncatula
SE2020794
Mutator
M15
MtChr3:16351057-16351400
TTTTAAATA
TTTAAATAGGCTTTTATATGTGTTTAGCCCCTGCAAATAGGGATTATTTAAAAAATGGTTCATGTATTTCTTAATCCTGGTATTTTGCTCTGCCAAAATTTAATCACTTAAAATTTCGTCCCTCTTCCCACTTAATCACAGTCACGTCACTAATTACAGGGGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 T      T                    C              A                  A              C                                                              AG   C      --         G  ATTTTTG
  TTTAAA AGGCTTTTATATGTGTTTAG CCCTGCAAATAGGG TTATTTAAAAAATGGTTC TGTATTTCTTAATC TGGTATTTTGCTCTGCCAAAATTTAATCACTTAAAATTTCGTCCCTCTTCCCACTTAATCAC  TCA GTCACT  AATTACAGG GT       
  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||  ||||||||| ||        
  AAATTT TCCGAAAATATACACAAATC GGGACGTTTATTCT AGTAAATTTTTTACCAAG ATATAAGGAATTAG ACTGTAAAACGGGACGGTTTTAAATTAGTGAATTTTAAGGCAGGGAGAGGGGTGAATTAGTG  GGT CAGTGA  TTAATGTTT TA       
AT      -                    A              C                  G              A                                                              AT   A      CA         G  CTTTAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2020794

TTTTAAATAGGCTTTTATATGTGTTTAGCCCCTGCAAATAGGGATTATTTAAAAAATGGTTCATGTATTTCTTAATCCTGGTATTTTGCTCTGCCAAAATTTAATCACTTAAAATTTCGTCCCTCTTCCCACTTAATCACAGTCACGTCACTAATTACAGGGGTATTTTTGTAATTTCATGTTTGTAATTACAGTGACATGGTAGTGATTAAGTGGGGAGAGGGACGGAATTTTAAGTGATTAAATTTTGGCAGGGCAAAATGTCAAGATTAAGGAATATAGGAACCATTTTTTAAATGACTCTTATTTGCAGGGACTAAACACATATAAAAGCCTTTTAAATA

Copy Cancel