Plant MITE

SE3320026

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_7491
citrus sinensis
SE3320026
Mutator
M12
chr4:5358868-5359500
CACTCACAT
GGGTAATTTTTAAAAACCTCCCCTGAGGTTTGGGCTTGTTGCAAGTAGATGGCGAGAATTGATTTATTTGTAAAAAACTCCCTACCGTCAGTTAAGTTTAACATTGACCGTTAGTTGACCGTGCAAAGACAATATTACCCTTAACAATAGTTTATAAACGAAAATAACTATAAAAAAAACTAAAATTATTAGTTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CACTCACATT                                                                                                                                                         A                TA                  A  -  TTTTA        A  ------  A    TATTTTCTTAAAGTTCTTATAAAAAATTAAAATTAAAAAATTAAAAAATCCTCTTTAAATTATTGATATTTTCTTAAAATTCCTACA
          GGGTAATTTTTAAAAACCTCCCCTGAGGTTTGGGCTTGTTGCAAGTAGATGGCGAGAATTGATTTATTTGTAAAAAACTCCCTACCGTCAGTTAAGTTTAACATTGACCGTTAGTTGACCGTGCAAAGACAATATTACCCTTAACAATAGTTT TAAACGAAAATAACTA  AAAAAAACTAAAATTATT GT TA     CACTTTTT AA      TT TTGA                                                                                       
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||     |||||||| ||      || ||||                                                                                        
          CCCATTAAAAATTTTTGGAGGGGACTCCAAACCCGAACAACGTTCATCTATCGCTCTTAACTAAATAAACATTTTTTGAGGGATGGCAGTCAATTCAAATTGTAACTGGCAATCAACTGGCACGTTTCTGTTATAATGGGAATTGTTATCAAA ATTTGCTTTTATTGAT  TTTTTTTGGTTTTAATAA CA AT     GTGTTTGG GA      AC TGTT                                                                                       
ATACACTCAC                                                                                                                                                         C                --                  C  C  TTTTC        -  TAAAAA  -    AAAATAGGAACAGTTAAGATTTTTAAATGTTATAGTATCCATTTCTAATACTGATAAAGTAAAAATTTAAAAATTAAAATAGAAAGA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3320026

CACTCACATTGGGTAATTTTTAAAAACCTCCCCTGAGGTTTGGGCTTGTTGCAAGTAGATGGCGAGAATTGATTTATTTGTAAAAAACTCCCTACCGTCAGTTAAGTTTAACATTGACCGTTAGTTGACCGTGCAAAGACAATATTACCCTTAACAATAGTTTATAAACGAAAATAACTATAAAAAAAACTAAAATTATTAGTTATTTTACACTTTTTAAATTATTGATATTTTCTTAAAGTTCTTATAAAAAATTAAAATTAAAAAATTAAAAAATCCTCTTTAAATTATTGATATTTTCTTAAAATTCCTACAAGAAAGATAAAATTAAAAATTTAAAAATGAAATAGTCATAATCTTTACCTATGATATTGTAAATTTTTAGAATTGACAAGGATAAAATTGTCAAAAAATAGGGTTTGTGCTTTTTACACCAATAATTTTGGTTTTTTTTAGTTATTTTCGTTTACAAACTATTGTTAAGGGTAATATTGTCTTTGCACGGTCAACTAACGGTCAATGTTAAACTTAACTGACGGTAGGGAGTTTTTTACAAATAAATCAATTCTCGCTATCTACTTGCAACAAGCCCAAACCTCAGGGGAGGTTTTTAAAAATTACCCCACTCACATA

Copy Cancel