Plant MITE

SE3350457

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_7922
citrus sinensis
SE3350457
PIF/harbinger
To3
chr3:26598438-26599061
TTA
AGGTGGCGTTTGTTTTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TT                 -----------------         GACTTA  GTAACTTAACTTAATTAATTAAGTTAATTAGAGGTGTTTGTTTTTATAACTTAATGAGACTTTTTAAATAATTTTGACTTAATAAAATAAGCTAATTTTTTTGGCTTTTTACTTAATGGAGAAATCTGAATTAAGTCAATTACTTGCTAATGTCAAAAATATCCATGTTTTATAATTTATTTTTCATGTCTATCCCAAAACTCACCCATAGATATTTACCCCACATAAAAATATCCATGTTTTTTCTTTCTTATATTATATACGATAAAA
  AGGTGGCGTTTGTTTTT                 TAACTTAAT      AA                                                                                                                                                                                                                                                                              
  |||||||||||||||||                 |||||||||      ||                                                                                                                                                                                                                                                                              T
  TCCACCGCAAACAAAAA                 TCTGGACTT      AA                                                                                                                                                                                                                                                                              
AT                 AACAGACTTTAGACTTA         ------  TCAGACTTAAGACTTATCCAGACTTACAGACTTAGACTTATTATACAAACAAAAAAGCAGACTTAGAGCTTTTTATTCATAATTCAACAAACAAAAAAAGTTGAATTTTTCGACTTTTATACATGAAAATGTAAACATAGGAATAATTTAAACTTACAGTTTATTTATTATATAATTTATGGTGTTATAAATTGTAAATATTCATTTTGATATAAGTTCACTTATGTATTAATAAAACCTTAAAATTATATATTTTATGGTATTTAAAGT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3350457

TTAGGTGGCGTTTGTTTTTTAACTTAATGACTTAAAGTAACTTAACTTAATTAATTAAGTTAATTAGAGGTGTTTGTTTTTATAACTTAATGAGACTTTTTAAATAATTTTGACTTAATAAAATAAGCTAATTTTTTTGGCTTTTTACTTAATGGAGAAATCTGAATTAAGTCAATTACTTGCTAATGTCAAAAATATCCATGTTTTATAATTTATTTTTCATGTCTATCCCAAAACTCACCCATAGATATTTACCCCACATAAAAATATCCATGTTTTTTCTTTCTTATATTATATACGATAAAATTGAAATTTATGGTATTTTATATATTAAAATTCCAAAATAATTATGTATTCACTTGAATATAGTTTTACTTATAAATGTTAAATATTGTGGTATTTAATATATTATTTATTTGACATTCAAATTTAATAAGGATACAAATGTAAAAGTACATATTTTCAGCTTTTTAAGTTGAAAAAAACAAACAACTTAATACTTATTTTTCGAGATTCAGACGAAAAAACAAACATATTATTCAGATTCAGACATTCAGACCTATTCAGAATTCAGACTAATTCAGGTCTATTCAGATTTCAGACAAAAAAACAAACGCCACCTTA

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