SE3330484

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_7949
  • citrus sinensis
  • SE3330484
  • hAT
  • Hat7
  • chrUn:54055285-54055984
  • CTTACCTC
  • TAGGGGTGAGCA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
CTTACCTC        A   AACCCCA   AACTTGACGGACCCAACCCAATCTAATCTAACTCGATTTAATTTTAACGGGTTGAGTGAGTTATTATGGGTCAATTTTTTTTTAATCCAATTAACAATGAGGTTGGATTAGGTTAATTATGATGAAGCCCTCTAACCCAACCCAACCCACATAAATAATAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAATTCTCAATTGCAAAATTTTAAAAATCTAAACGACTAATCTATTTTTTATCCTTTTTTTATTCTTTTATAAAAAGGACTATTTTATTTTTGTATCTATTACTCTAAACTCTAACTCCAAAAGTAAACTCTTAAATCTTAA
        TAGGGGTG GCA       TCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
        |||||||| |||       |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
        ATTCCCAC CGT       CCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
CTCCATTC        C   ------A   AACCCAGTATATCCCAAACACTTTCGGGTTGGGTTGAGTAATAATTTACTCAACTCTATTTTAGTTAGGTTAGATTAATTTATTTTATACAAGTTAAGTTAGGTTAAGTTAGATTAGAAATTTAGTAGCCTAATCTAACTAATCCAACTTCTGAACTTCAGTTAAATTTTAATTTATTTCTTTTTCTATGCTTTCAACTTTACTTTGAATAACTTTAGTTTATGTTTATGTAATATAATACTCTTAAGATAAATAACAAATCATAAACTATTTTCTTTTGATTTTCTTATATCTTACTTATTTAGTCTTTTCAACTTACTCTT
Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

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