Plant MITE

SE3330521

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_7986
citrus sinensis
SE3330521
hAT
Hat11
chr3:24486390-24487154
TAACATAT
TAGGGGTGTTC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TAACATAT           -A           ----   C   T -- -     TTT ---  - TGCAAAAATCCGATCTGTAGATTGGTGAATTAGATTGGATTGAAAATTTAAAAATTTGCAGTCGATGAATTGGATATGAATTTATTTCTGTAAAGCCGCAAAAATCCGCGAATACGCAAAAAAATATAATTTATTTATTTAATTAATTAAAAAATAAAACTTGTAAATGTGGTGTTACTATTTACTAATAAATAAATAAGTTAAAATGTAGTTACATTAAAATTATACATATATTATCCAATAATAATATATAATAAACATAATTAAATAAACAAATATACCTTTCTAAACAGTTAATTTTAGTTGATTTTCATATATTGATTTAA
        TAGGGGTGTTC  TAATCCAATCT    GAT CAC C  A ATCTG   G   AT C                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
        |||||||||||  |||||||||||    ||| ||| |  | |||||   |   || |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
        ATCCCCACAAG  TCTAGCCTAAA    CTA ACT T  A TTAAA   T   GG T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
TATACAAT           CG           ATGC   -   - GT G     --- ATA  C AGGTACTAAAACTCCTAACATTTAAAAGTTAGGTTAGGTTAAGTGCCTAACCGTTTAAGTTAGAGTTAGATTTAGGTTAGGTATGCATACGTCTAAACTTAGTTAAATATAGGTTAGGTGGTAAAACACCTAACCAAACAACTAGTTTTTAAAATTAAAACAAGTAAGACGCTTGATTAATTTATTTTTTTAGATTATATTTTTATTAAAATGATAGCTGTTTAAGTTTTAACTTATTTTAAATTATTTAATTCACAAATTTATTTCAATCTTATTATGTCAGTTTCAGAGCTTTATATAATGTCACTTTTTTTTTAGAGTAAACA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3330521

TAACATATTAGGGGTGTTCATAATCCAATCTGATCCACTCAATCTGTTTGATCTGCAAAAATCCGATCTGTAGATTGGTGAATTAGATTGGATTGAAAATTTAAAAATTTGCAGTCGATGAATTGGATATGAATTTATTTCTGTAAAGCCGCAAAAATCCGCGAATACGCAAAAAAATATAATTTATTTATTTAATTAATTAAAAAATAAAACTTGTAAATGTGGTGTTACTATTTACTAATAAATAAATAAGTTAAAATGTAGTTACATTAAAATTATACATATATTATCCAATAATAATATATAATAAACATAATTAAATAAACAAATATACCTTTCTAAACAGTTAATTTTAGTTGATTTTCATATATTGATTTAAACAAATGAGATTTTTTTTTCACTGTAATATATTTCGAGACTTTGACTGTATTATTCTAACTTTATTTAAACACTTAATTTATTAAATTTTATTCAATTTTGAATTTGTCGATAGTAAAATTATTTTTATATTAGATTTTTTTATTTAATTAGTTCGCAGAATGAACAAAATTAAAATTTTTGATCAACAAACCAATCCACAAAATGGTGGATTGGATATAAATTGATTCAAATCTGCATACGTATGGATTGGATTTAGATTGAGATTGAATTTGCCAATCCGTGAATTGGATTGGATTGAAAATTTACAATCCTCAAAATCATGGATCGGATATAAATTGATGTTCAATCCGTAAAATCCGATCTGCGAACACCCCTATAACATAT

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