SE3820021

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_8339
  • Solanum tuberosum
  • SE3820021
  • Mutator
  • M13
  • chr08:16646855-16647469
  • ATATAGAAA
  • AGGA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
            ATATAGAA    CAAATTACTTA      CTCCTT  TT   --CT        ATT       A  -TA    AAA    -              --TGTATC      GTATCCCGTGCACAACGCTATGTATCCCGCTATGTGGAATGTATCAAACCTAATGTATCCCGTGCACAACGCTATGTATCCCGCTATGTGGAATGTATCAAACCTAATGTATCCCGTGCACAACGCTATGTATCCCGCTATGTGGAATGTATCAAACCTAATGTATCCCGTGCACAACGCTATGTATCCCGCTATGTGGAATG
                    AGGA           ACTACA      TA  TAC    TAATATCC   TATCCCT CT   TTTC   ATTT TCAAAAATCCCTTA        CCGCAT                                                                                                                                                                                                           
                    ||||           ||||||      ||  |||    ||||||||   ||||||| ||   ||||   |||| ||||||||||||||        ||||||                                                                                                                                                                                                            
                    TCCT           TGGTGT      AT  ATG    ATTGTAGG   ATAGGGA GA   AAAG   TAAA GGTTTTTAGGGAAT        CGAACG                                                                                                                                                                                                           
AAAGATATACATATTTAATA    -----------      -ATAAT  TC   ATTT        ---       A  TCA    --A    T              TTTTACTA      CCCTATGTATCGCAACACGTGCCCTATGTAATCCAAACTATGTAAGGTGTATCGCCCTATGTATCGCAACACGTGCCCTATGTAATCCAAACTATGTAAGGTGTATCGCCCTATGTATCGCAACACGTGCCCTATGTAATCCAAACTATGTAAGGTGTATCGCCCTATGTATCGCAACACGTGCCCTATGTAATCCAAACTAT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End