Plant MITE

SE3830067

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8385
Solanum tuberosum
SE3830067
hAT
Hat16
chr02:34158567-34159330
CCTGTAGA
CTGTAGATAGGGGTGTACA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

C      A            ----A         TAAA        AAACCGACGAACCGAATCAAACTGGAAAAAAATCGATTTGTGGTTTGGTTTGGTTGGTTTGGCAGTTGAAAAAAAAATGACCACTCTTGGTTTGGTTTGGTATTAAAAGAAAATAAGTCAAACCATTCATTCAATATAATTTTATTTTATTTATAGATAAAAAAATGTTATTTATAATCTACTTTGTTAATATATTTTTAGTTAGTTTATAGTTTTCAATGTTTATATATTTTATTTCAAATTTGGGCTTGTAAAATTTGTAAATATTTTATTTTGTATTAAGGTCCGAAGTTATAATTATATTGTTATAGTTTTTCAAATTCGAAGTTAACAATTTAC
 CTGTAG TAGGGGTGTACA     GTCAAACCG    ATCAAACC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 |||||| ||||||||||||     |||||||||    ||||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
 GATGTC ATCCCCACATGT     GCCAAACCA    CCAAAAAG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
A      C            ATCCA         --AA        TAATTTTTTTTGGATTTGGTTAATACAGCCAAATAATTTAGATTTTTTTTTAGTTTGGTGCGTTTCAACCAAAAAAGCCAAAGCCAAAATTAGCTAAGAAAGCCAAAAAAGCCAACAAAATGTTGATATGCCACAAACTTTTTCTCTAGTTTATATAAAAGTGAATGGACACACTATTCGATTTGAATTCTTTACAATTTACTTATCTTTAAAAGCATTTCTGCCAATTTTAAGTGTACTCATGTTTTATAAAAAAAAACTTTATAGTTGCAATTAATACAATATAATTATTCTAATTTCCTATATCAGTTTGACTTATGTTTTGTTTTATAAATGTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830067

CCTGTAGATAGGGGTGTACAAGTCAAACCGTAAAATCAAACCAAACCGACGAACCGAATCAAACTGGAAAAAAATCGATTTGTGGTTTGGTTTGGTTGGTTTGGCAGTTGAAAAAAAAATGACCACTCTTGGTTTGGTTTGGTATTAAAAGAAAATAAGTCAAACCATTCATTCAATATAATTTTATTTTATTTATAGATAAAAAAATGTTATTTATAATCTACTTTGTTAATATATTTTTAGTTAGTTTATAGTTTTCAATGTTTATATATTTTATTTCAAATTTGGGCTTGTAAAATTTGTAAATATTTTATTTTGTATTAAGGTCCGAAGTTATAATTATATTGTTATAGTTTTTCAAATTCGAAGTTAACAATTTACTTTGTAAATATTTTGTTTTGTATTCAGTTTGACTATATCCTTTAATCTTATTAATATAACATAATTAACGTTGATATTTCAAAAAAAAATATTTTGTACTCATGTGAATTTTAACCGTCTTTACGAAAATTTCTATTCATTTAACATTTCTTAAGTTTAGCTTATCACACAGGTAAGTGAAAATATATTTGATCTCTTTTTCAAACACCGTATAGTTGTAAAACAACCGAAAAAACCGAAAGAATCGATTAAAACCGAAACCGAAAAAACCAACTTTGCGTGGTTTGATTTTTTTTTAGATTTAATAAACCGACATAATTGGTTTAGGTTTTTTTTAATGAAAAACCAAACCAAACCGACCTATGTACACCCCTACCTGTAGA

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