SE3830221

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_8539
  • Solanum tuberosum
  • SE3830221
  • hAT
  • Hat5
  • chr04:26850684-26851173
  • CCTTCGTC
  • TAGGGGTGTCAAA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3' 
CCTTCGTC             --------    AACTCAAACATTGGTAATTCGTTCAAAATTTTAAGGATTGGACTCAACATAATTTAAATTGGGTTCAATCTTAACTAATTCAAGCCTAATTCATTTTAAGAGAATCCTCAATTGAGCTCAATTCGATCTCCAATTTCAATTTGTTTTAAATTTTTTTATTTAGATATATTCCTATATTAAAGGTATGAATTATTATCTATTTAACATCTTTTAGGA
        TAGGGGTGTCAAA        AATG                                                                                                                                                                                                                        
        |||||||||||||        ||||                                                                                                                                                                                                                         
        ATCCCCACAGTTT        AACT                                                                                                                                                                                                                        
CTGCTTCC             ACCCACCC    CAACTTTAACCTCTTTAATTTTACCCAACTTTATCTTTAGCCTAACCCAGAACTGGGCGGGTTCAAATAAAACCCGAGTTTACCCAATTTTTTGCCCAACCCAGAACTGGGCTAATTAGAGTTATTAAAATTGTATCACTATAAATTGAACATATTAGTGTTAAGCTTAAAGTCGAGTTCTAAAAAAAAAATTTTCCATTGTTTACCTATCTATTT
Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End

Copyright ©.   Contact us: contact@pmite.com   京ICP备2022028499号-3