Plant MITE

SE3830279

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8597
Solanum tuberosum
SE3830279
hAT
Hat9
chr05:28504937-28505520
GTCTAATT
TTAGGGTTGT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 GTCTAAT          -    A    ---- ATCG        -------   TCGAACCAAAAAAATGTTATTGGTTTATCAGTATTGGGTTATTGGTTTAGCGGTTTTGATAACGGTTTTGATTTTTTATCTTATCGGGTTATCAGTTCTTAACGGTTTGAAGGTTTTTCTTAACGGGTTAACCGATAACCCGATAGTAAATTAAATAATTATATTTATACCATTTTGTATATAAAGTCCTTGACTTATAGTTTAGTTTCCTACTTTTATTTTTTGTTGTTTCAAAAACTTGGTTAT
        TTAGGGTTGT TCAA ACTG    A    AAACCGAT       AAC                                                                                                                                                                                                                                                      
        |||||||||| |||| ||||    |    ||||||||       |||                                                                                                                                                                                                                                                       
        GATCCCAACG ATAG CCAG    G    CCAAAACT       GCC                                                                                                                                                                                                                                                      
GTTAATCT          C    -    CCAA ----        TCAAATA   AAACCGAATAACAAATAGCCAAACATCTCTACGATTTGGCAATAGCTTGGTAATTCTATAACCGAATAGCTAATAACCAAATAGCCAAAAACTAGCAATAGCCAAGCCAATAGCCAAATTGCCAATTCTAAACTGTGTTTTTTTTGTAACTTTTAGTGAATCTTTATTCCACTGTTTGGTTTACTTGGTACGTGTACTGAAGAGTTCAATGTAGAACGAGTTTTCATTTATAAAAATGTAACATCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830279

GTCTAATTTAGGGTTGTTCAAAACTGAATCGAAACCGATAACTCGAACCAAAAAAATGTTATTGGTTTATCAGTATTGGGTTATTGGTTTAGCGGTTTTGATAACGGTTTTGATTTTTTATCTTATCGGGTTATCAGTTCTTAACGGTTTGAAGGTTTTTCTTAACGGGTTAACCGATAACCCGATAGTAAATTAAATAATTATATTTATACCATTTTGTATATAAAGTCCTTGACTTATAGTTTAGTTTCCTACTTTTATTTTTTGTTGTTTCAAAAACTTGGTTATTCTACAATGTAAAAATATTTACTTTTGAGCAAGATGTAACTTGAGAAGTCATGTGCATGGTTCATTTGGTTTGTCACCTTATTTCTAAGTGATTTTCAATGTTTTTTTTGTGTCAAATCTTAACCGTTAAACCGATAACCGAACCGATAACGATCAAAAACCGATAAACCAATAATCGATAAGCCAATATCTTAATGGTTCGATAACGGTTTAGCATCTCTACAAACCGATAAACAATAAGCCAAACCGATAAACTTCAAAACCGAACCGACCGATACGCAACCCTAGTCTAATTG

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