Plant MITE

SE3850296

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8614
Solanum tuberosum
SE3850296
PIF/harbinger
To5
chr10:50055963-50056746
TAA
AGGGGTTGTTTGGTAGAGTGTATTAGGAAATATAATGCATGTATTAG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA                       T    AAT        --------              --     AATAGTACCTTGTTTGGTACACTTTTTCATGTCATGTATAACTAATGCAAACATTAGTTATACACTCTATTGTGTATTAAGTTGTGTATTACTAATACCAAGGAATTCTAGGTATTAGTAATACATAGCATTTTAACACTTGCATTAGATTAAATAATTACAAAACTACCCTTAAAGCCTTTTCATTTTCTTTGTTGTAATAAGTTTTTGTTTTTATTTTTATTTGCTTTTTAGTGTCTTTTAATTTGTTGGTGTTTTAATAGGCTTTATGGCCTCTTAAGTATTTTTTTTTAAAAAAAATAAATCTAATTTCAATATAATTTAATCAC
  AGGGGTTGTTTGGTAGAGTGTAT AGGA   ATAATGCA        TGTATTAGGTGTGT  GTATT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
  ||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||        ||||||||||||||  |||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
  TCCCCAGCAAACCATCTCACATA TTCT   TGTTACGT        ACGTAATCATTACG  CGTAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
AA                       -    ---        TTTATACC              AA     GCATTACGGACGTAATCAATACGTACGTAATAAAGAATATGTAACAAACCAAACTACATAATCTTTATTGTTTAGAACGTATTAAAGATAATTTTTTATATACAAATGTTTTGATGAGAAGTATGAAATAAATAAACATTTGAAGGAAACGTTGTTTCAAGAAACGATTTTGTATTTTTTTTTTTAGAAACGATTTTGTGGTAATTGAGAAGAAGAAGAAGAAAAGTATTTATTATAATTTATCAACATGATAACGCAGTTTTATAAAAACACTTTTCAAACGTTTCTTAATAAAAAAATAGTTTAAATAGGAGTGTTATCATTTTTAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3850296

TAAGGGGTTGTTTGGTAGAGTGTATTAGGAAATATAATGCATGTATTAGGTGTGTGTATTAATAGTACCTTGTTTGGTACACTTTTTCATGTCATGTATAACTAATGCAAACATTAGTTATACACTCTATTGTGTATTAAGTTGTGTATTACTAATACCAAGGAATTCTAGGTATTAGTAATACATAGCATTTTAACACTTGCATTAGATTAAATAATTACAAAACTACCCTTAAAGCCTTTTCATTTTCTTTGTTGTAATAAGTTTTTGTTTTTATTTTTATTTGCTTTTTAGTGTCTTTTAATTTGTTGGTGTTTTAATAGGCTTTATGGCCTCTTAAGTATTTTTTTTTAAAAAAAATAAATCTAATTTCAATATAATTTAATCACAATTTTTACTATTGTGAGGATAAATTTGATAAAAAAATAATTCTTTGCAAACTTTTCACAAAAATATTTTGACGCAATAGTACAACTATTTAATATTATTTATGAAAAGAAGAAGAAGAAGAGTTAATGGTGTTTTAGCAAAGATTTTTTTTTTTATGTTTTAGCAAAGAACTTTGTTGCAAAGGAAGTTTACAAATAAATAAAGTATGAAGAGTAGTTTTGTAAACATATATTTTTTAATAGAAATTATGCAAGATTTGTTATTTCTAATACATCAAACCAAACAATGTATAAGAAATAATGCATGCATAACTAATGCAGGCATTACGAATGCAAGCATTACTAATGCACCATATTTTGCATTGTTCTTATACACTCTACCAAACGACCCCTAA

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