Plant MITE

SE3830373

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8691
Solanum tuberosum
SE3830373
hAT
Hat45
chr01:3469276-3470069
GGTGCAAG
TGCAAGCAGTGGCGGAGCTACAGCCATC

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

 GG    AG              -   --C    C     ---   ---  AGCTGACCACCCTTCGCCGGAAAATTACACCGTATAGAGAGGTTAAATTCTGAATTTAAGGGATAAATAATTAATGTTGAACAACCTTAACATAAGTTCTTCCGTGGCACAGTGGTTAAGCATGTTCATTTCCACCCGAGGTGCGCAAGTTTGAATCTCGTGAGCGCACAACTATTTTGGTTTTATTTTGAGAGCAGAACACAACCTCACACACCATTATTATGTTCCTCAAGTTTCTTAATTATTAATATTACAATTTTAATGTTATAGAATAACATATATGGATACATTATTTTAATTTTGAATATTTAGATATCATGTATTTCTAATTTTTATCTAGGATATAATGCA
   TGCA  CAGTGGCGGAGCTA CAG   CATC AAGGG   TGG   TC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
   ||||  |||||||||||||| |||   |||| |||||   |||   ||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C
   ACGT  GTCACCGCCTCGAT GTT   GTAG TTCCC   AGT   TA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
CGA    GG              C   AAA    -     ACA   TCT  AAAAAAAAATTATTCACTCAACTTACAATAAATGAATTGGATTACTAAGATGGTACTTGCTAGAGTTGTAAACAGTTATAGTTTATATTTGTTAGCTCAAAAAGAAGAAGAAAAACTACGTAACTAAAATATACTATTTTTATATACTAATAACAAAAATTTCACTTTATAACTATCTTGTTTACGCAGATCGAAATGCTTTGTATTTAGTGGGATCATCTTTTTTTTTAAGAATTTTTTCTTCTTCTTCTATTTCGCGTATATAACTAAAATCGGAACTCAAATTTCAACAATTGTATATATTTGTGTTTATTACATTTTACCACCGAAAAAACAAAAGTGGTAAGCTTT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830373

GGTGCAAGCAGTGGCGGAGCTACAGCCATCCAAGGGTGGTCAGCTGACCACCCTTCGCCGGAAAATTACACCGTATAGAGAGGTTAAATTCTGAATTTAAGGGATAAATAATTAATGTTGAACAACCTTAACATAAGTTCTTCCGTGGCACAGTGGTTAAGCATGTTCATTTCCACCCGAGGTGCGCAAGTTTGAATCTCGTGAGCGCACAACTATTTTGGTTTTATTTTGAGAGCAGAACACAACCTCACACACCATTATTATGTTCCTCAAGTTTCTTAATTATTAATATTACAATTTTAATGTTATAGAATAACATATATGGATACATTATTTTAATTTTGAATATTTAGATATCATGTATTTCTAATTTTTATCTAGGATATAATGCACTTTCGAATGGTGAAAACAAAAAAGCCACCATTTTACATTATTTGTGTTTATATATGTTAACAACTTTAAACTCAAGGCTAAAATCAATATATGCGCTTTATCTTCTTCTTCTTTTTTAAGAATTTTTTTTTCTACTAGGGTGATTTATGTTTCGTAAAGCTAGACGCATTTGTTCTATCAATATTTCACTTTAAAAACAATAATCATATATTTTTATCATATAAAATCAATGCATCAAAAAGAAGAAGAAAAACTCGATTGTTTATATTTGATATTGACAAATGTTGAGATCGTTCATGGTAGAATCATTAGGTTAAGTAAATAACATTCAACTCACTTATTAAAAAAAAAATTCTTGAACACCCTTGATGAAATTGCTAGCTCCGCCACTGGGTGCAAGC

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