SE3830430

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_8748
  • Solanum tuberosum
  • SE3830430
  • hAT
  • Hat53
  • chr01:67446169-67446902
  • GTCATTGG
  • CATTGGTAGGGGTGTCAATGG

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
GT  T   -            T  -TAC  T   GT  ---   A  TTTTAACAATTATACGATCCCAATTTTTCAGATATTTTATAATATATAACCAAAATTAGTCTTTTTAAAACCATCCCAGTCATATCGGTTTATATTCGGTATTGGTACGGTTCGGTTAATTTTTTTGGTTTTTTTCACTTTTAAAATATCACCTCAAAATATACTACTATTAATATATTTCTTTGACAAATATGTTCTTGAAGAAACACTTTAATTCTTCACCAAAAAGACAAGAATGTAAAACCTTGTTGCCGTATTGTTTGATCTTAAATATTTAATAGGAGTGTTTGGATAGGTTTTGTTGTATTGTTTGATAGAGTATCTA
  CA TGG TAGGGGTGTCAA GG    GG TCG  TG   GTT TT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
  || ||| |||||||||||| ||    || |||  ||   ||| ||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
  GT ACT ATCCCCACAGTT TC    AC TTT  TT   TGG TT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
 G  T   G            T  TTAT  -   --  AGC   -  TGGTTAGCTTCGCTTGGCTAAATACGATAAAAAAGTTATTTTGGCACCTAAAAATAAATTCACATATTGGCAGGGCTTGTTAACCCTACCAGAAAAATTAAATTCTTTTTTTGGTTTTTTAAGGGCTTGGCTTAGCTTATTGGAATGTACATTTATATAAAATATATAATTGTTATTCAATTTAAATTATATATTTATATAAAATATTGTGAAAAGTTTATATTTATATTGAATCCAGGATCCAGAGACCACTGATCTGCTGCAACCCAGAAACGAGAAATTAAGCGGAAATGAATTAATTCAAATTTTAATTTTCTATGACATT

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End