Plant MITE

SE3830457

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8775
Solanum tuberosum
SE3830457
hAT
Hat53
chr03:6892554-6893287
CTTCCAGC
GGGTGTCAATGA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

CTTCCAGCTAG         -T  ---TAC  TT    CG  T  -   TAAAAAATTATACCATCCCAATTTTTCGGTTATTTTATAATATATAACCAAAGTTAGATTTTTTACAACCATCCCAATCATATTGGTTTCTCTTCGGTATCGGTATGGTTCAGTTAATTTTCATTTTTTTACTTTTAAAATATCACTTCAAAATATACTACTATTAAAATATTTCTTTCACAAATATCACTTTGAAGACGAAGAAGCACTGTAATTCTTCATCAAGAAGACAAGAATGTAAAATCTTGTTGTTGTATTGTTTGATCTTAAACATTTAATAGGAGTGTTTGCATAGGTTTTGTTGTATTGTTTGATAGAGTATT
           GGGTGTCAA  GA      GG  TGGT  GT AT TTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
           |||||||||  ||      ||  ||||  || || |||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
           CCCATAGTT  CT      TT  TTAA  CT GG TTG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
CGACCTTCATA         TT  TATACT  --    --  -  C   GATGGGTTTAGCTAAATACAATAAAAAAGTTATTTTAGCACCTGAAATTAAATTCACATATTGGCAGGGCTTGTTAACCCTACCAGAAAAATTAAATACTTTTTTGGTTTTTTTAGGACTTGGCTTAGCTTATTGGAATGTACATACATTTATATAAAATATATAATCATTATACAATTTAAATTATATATTTATATAAAATATTATTAAAAATTTATCCATATTGGATCCAGGATCCGGAAATCACTGATCTTTTGAAACGCAGAAACGAGAAATTAATTGGAAAATGAATTAATCCAAATTTTAATTTTCTACAACATTAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830457

CTTCCAGCTAGGGGTGTCAATGATACGGTTTGGTCGGTTATTTTTAAAAAATTATACCATCCCAATTTTTCGGTTATTTTATAATATATAACCAAAGTTAGATTTTTTACAACCATCCCAATCATATTGGTTTCTCTTCGGTATCGGTATGGTTCAGTTAATTTTCATTTTTTTACTTTTAAAATATCACTTCAAAATATACTACTATTAAAATATTTCTTTCACAAATATCACTTTGAAGACGAAGAAGCACTGTAATTCTTCATCAAGAAGACAAGAATGTAAAATCTTGTTGTTGTATTGTTTGATCTTAAACATTTAATAGGAGTGTTTGCATAGGTTTTGTTGTATTGTTTGATAGAGTATTTATTACAACATCTTTTAATTTTAAACCTAATTAAGTAAAAGGTTAATTAAAGAGCAAAGACGCAAAGTTTTCTAGTCACTAAAGGCCTAGGACCTAGGTTATACCTATTTAAAAATTATTATAAAATATATTTATATATTAAATTTAACATATTACTAATATATAAAATATATTTACATACATGTAAGGTTATTCGATTCGGTTCAGGATTTTTTTGGTTTTTTCATAAATTAAAAAGACCATCCCAATTGTTCGGGACGGTTATACACTTAAATTAAAGTCCACGATTTTATTGAAAAAATAACATAAATCGATTTGGGTAGGTTCGGTCAATTTTTCATATTCTTTTGATACCCATACTTCCAGC

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