Plant MITE

SE3850460

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8778
Solanum tuberosum
SE3850460
PIF/harbinger
To9
chr08:16565098-16565867
TTA
TAGGTCCGTTTGGTTATG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

   T    TCC           -C   -  G A       ---- ATAAATTATGATATGGTATTATCATATAGAATCATGAGATGAAATTGAAATTTTGTTTGGATATGCGATATGAAATTTTTGTGTTATATATTTTCTCATAAACATAAAAATTTCATAAGTGGTAAAACTATTAAAATAGCCCCAATTGTTTATTCAATCTTATCAAATAAACAAAAAATTATAAAATCGCATAATAAATTATTACAAAATTATTTGTTCTCCACTTAAGTAATTGTTTCATCTAACTTTAATTTAATTAAAAAGAATTGAACATAAATTGTAGTGTACTGGTCTTTAATACAATCATTCCACATAGTACGACAATTTCCTCACGTTGAACTTGCAT
    TAGG   GTTTGGTTATG  GAT AT A ATCATGA    T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
    ||||   |||||||||||  ||| || | |||||||    |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T
    ATCC   CAAACTGATAC  TAG AC T CTACCTT    G                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
ATTC    --T           CA   C  - -       AGTC CAAACCTGTACGCTAAAATGCGACTAAAGTAGAGTACTCTACACTAAGGTATAAGAGGTTTTTGGTACTATACATTAATATACTCTTAAAGTATAGTACTAAACTCTATAAAATTATGTTTTTAACTAAGTGCTCAAATATAAAACAATTTTGATGGGGTGTAAATACAGATGATTGGTAAATAAAGTATACATTTATTTTAAATATTAGTGTATTAATGAAAAATTTTAAATAATAAGAGTTAGTATATTTTAAATAATAAGAATGGCTGTATTTTAAATAATAACTGGTTGTTTACTGAGTTTCATTGTTTACAACCAAGCAGAAGAGCCAGTGTACTAGCTCT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3850460

TTAGGTCCGTTTGGTTATGCGATATGAAATCATGATATAAATTATGATATGGTATTATCATATAGAATCATGAGATGAAATTGAAATTTTGTTTGGATATGCGATATGAAATTTTTGTGTTATATATTTTCTCATAAACATAAAAATTTCATAAGTGGTAAAACTATTAAAATAGCCCCAATTGTTTATTCAATCTTATCAAATAAACAAAAAATTATAAAATCGCATAATAAATTATTACAAAATTATTTGTTCTCCACTTAAGTAATTGTTTCATCTAACTTTAATTTAATTAAAAAGAATTGAACATAAATTGTAGTGTACTGGTCTTTAATACAATCATTCCACATAGTACGACAATTTCCTCACGTTGAACTTGCATTTCTCGATCATGTGACCGAGAAGACGAACCAACATTTGTTACTTTGAGTCATTTGTTGGTCAATAATAAATTTTATGTCGGTAAGAATAATAAATTTTATATGATTGAGAATAATAAATTTTAAAAAGTAATTATGTGATTATAAATTTTATTTACATATGAAATAAATGGTTAGTAGACATAAATGTGGGGTAGTTTTAACAAAATATAAACTCGTGAATCAATTTTTGTATTAAAATATCTCAAATCATGATATGAAATTCTCATATAATTACATATCATGGTTTTTGGAGAATATGGAATCACATCTCATGAGATGAAATCAGCGTAAAATCGCATGTCCAAACGCTGATTCCATCTCACGATACCATAGTCAAACTCCTACTTA

Copy Cancel