SE3830485

Basic info.

  • MITE ID
  • Species
  • MITE identifier
  • Superfamily
  • Family
  • Genomic location
  • TSD
  • TIR
  • MITE_8803
  • Solanum tuberosum
  • SE3830485
  • hAT
  • Hat24
  • chr01:88551850-88552503
  • TTCATGAG
  • TCATGAGTAGAGGTGTGCA

Secondary structure and sequence

TSD    TIR
5'



3'
T         GA        AAAACCGAACC -    -   - AAGTGTTATTGGTTTATTATTATTGGGTTATTGGGTAAACAATTTTTTAATGGTTTTATAAAAAAAATTATTGGGTTATCGGTTCGGTATTGGTTTTTAATATTGGGTTATTGGGTAAACCGATAACCCATTAAGACTAGTAATTTACTACTTTTACTTGTACATAAATATTATATATTAATCTTAATACCTTAGTAGTTACTATCTTTGTCCTTTAGCCTTCAATTCACACTTCACAATGGCTTTGAGTTCACAATTTCACATTATAAAAAACGTTAAAATCTAAAGTAA
 TCATGAGTA  GGTGTGCA           A ACCG ATA A                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 |||||||||  ||||||||           | |||| ||| |                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
 AGTACTTAT  CCACACGT           A CCAG TAA C                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
G         AC        ----------- G    C   G CAAAATACATAATAGCCAAGTTAAATAGTTAAAAACCAAAGATTTATCAAATTTGGTTATTGGTTTGGTATTATATAAAAAATAGCCAAAATCAGGAATTGCCAAGCCAAAAGCTAAATTGGTTATTCTTTTATAAATATTTTGTTTATATATACTGAAAAGATTATTTAAACTACGCTTTTGTATTATGACATTGAAATGTTATTACGAGTATTTTATCTTTGTTATTATTGTTTCTACTTTTCTTGATATGTTCGCATTGTGTTTCTCTTTAATTCTCCTTATACCAAG

MITE cluster

MITE ID MITE identifier Chr Start End
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168 PmiREN020835 PmiREN020834 MIR1168 Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID MITE identifier Chr Start End