Plant MITE

SE3830529

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8847
Solanum tuberosum
SE3830529
hAT
Hat18
chr01:25091319-25091944
AATATCGT
TTAGGGATGGCAATGGGACGGTGTAGGGCGGGG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

AATATCG                 --AC    ----TA        ----------  GGTGCGGGTTGAGCTTAACCCGCAAAATTTTTAATCCGCCCCGCCCTGCATAACAACTCTTTTCATTTTCAACCTGCCCCACTCCTCCTCGCATAGACCCTCCCCGCATGAACCCGCTCCACATAATTTTTTTAATATTTTCTTTTTCTAGTTATGTTTGATACCAAAAATAAAATTCATAAAAATAAATTTATTTTTTTATTAAGTTGTATTAATTTAATAGGATAGTGACTTAAAATTTTATTTTTTAGAGGTCAATTGGG
       TTAGGGATGGCAATGGG    GGTG      GGGCGGGG          GT                                                                                                                                                                                                                                                                       
       |||||||||||||||||    ||||      ||||||||          ||                                                                                                                                                                                                                                                                        
       AATCCCTACCGTTACCC    CCAC      CCCGCCCC          CG                                                                                                                                                                                                                                                                       
CACTATA                 CGTC    CTATGC        ACCCAAATTC  ATACACCCCGCCCCTCACAAATTCCAACACACCACGCCCAGCCTACGCCCCGCCCAACTTCACCCTAAAAATTTTTAATTACACCCCCCCGCCCAACGCCCATATACACTAAAATACACCCAAGTTTGAATTAAAATTGAAAAATGTACAATATTCTCACTATCTCGTAATAAATAATTCTATTAAAGTAATTTCTATAATTTTATAAGTTCTATTATTTACTTTTAACAAGTTAATTTTTATTATGTTAAAGAATGTATAAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830529

AATATCGTTAGGGATGGCAATGGGACGGTGTAGGGCGGGGGTGGTGCGGGTTGAGCTTAACCCGCAAAATTTTTAATCCGCCCCGCCCTGCATAACAACTCTTTTCATTTTCAACCTGCCCCACTCCTCCTCGCATAGACCCTCCCCGCATGAACCCGCTCCACATAATTTTTTTAATATTTTCTTTTTCTAGTTATGTTTGATACCAAAAATAAAATTCATAAAAATAAATTTATTTTTTTATTAAGTTGTATTAATTTAATAGGATAGTGACTTAAAATTTTATTTTTTAGAGGTCAATTGGGAAATATGTAAGAAATTGTATTATTTTTAATTGAACAATTTTCATTTATTATCTTGAATATTTTAATATCTTTAATGAAATTATCTTAATAAATAATGCTCTATCACTCTTATAACATGTAAAAAGTTAAAATTAAGTTTGAACCCACATAAAATCACATATACCCGCAACCCGCCCCCCCACATTAATTTTTAAAAATCCCACTTCAACCCGCCCCGCATCCGACCCGCACCACACAACCTTAAACACTCCCCGCCCCACATAGCCTTAAACCCACCCCGCCCCGTATCCACCCTGCCCCATTGCCATCCCTAAATATCAC

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