Plant MITE

SE3830566

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8884
Solanum tuberosum
SE3830566
hAT
Hat63
chr09:36393528-36394260
TGTGCAAT
TGCAATTAGGGGTGGGCATGGTA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TG    AT                 -CGA  -     ATGT    AAAAAATTTGATATCATAATTTCGATACTCGGTATCTAGAATATTATACCATTACCATACCAAATTCGCTCGGTATGATTGGATATATTTAGTTTCGATTTCGGTATTTTACAATATGGTATTCGGTAACCATAATTCGTTTGACTTCGACTTACATATATTTATAACTCTCCATACAATTTATTTAGCAAATAAGTTAGAATCATTCTCTTTGTCCTATAGCAAGTATTCTTGCAAGACCAATACGATTATCAACATGAATATGAGAAATTCAAAAGCACAAGTCTCAATCATATTAGATCAAAACTACTTTTGTTAAATAAT
  TGCA  TAGGGGTGGGCATGGTA    TA TGATA    ATTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
  ||||  |||||||||||||||||    || |||||    ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T
  ACGT  ATCCCCGCCCGTACCAT    GT ATGGT    ATGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
TA    GT                 ACAT  T     ----    TTTTAGCTTTAAAAATATGACGCCATACCTATAATACCATAAACCTTACTGAAAATTTAAAAAAACTATAAGTTATGCCATAAACCATAAATATTTTATTTATGGCATATGGTATGGCTTTAAAATATCATTATATATTTTAATTAGCAAATGATTGTACATCTGAGATTTAACTGTATCACCATATACAGTTTAAACTCAGATGTACAATCACTTACTAAAAACACCACATTTTAATATATCCCGATACGTATTAAAATCTATTACAATAAATTTGAAACGTACATACTGATGAGCTAACAATAATTTTACAAGAAAAACACT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830566

TGTGCAATTAGGGGTGGGCATGGTACGATATGATAATGTATTTAAAAAATTTGATATCATAATTTCGATACTCGGTATCTAGAATATTATACCATTACCATACCAAATTCGCTCGGTATGATTGGATATATTTAGTTTCGATTTCGGTATTTTACAATATGGTATTCGGTAACCATAATTCGTTTGACTTCGACTTACATATATTTATAACTCTCCATACAATTTATTTAGCAAATAAGTTAGAATCATTCTCTTTGTCCTATAGCAAGTATTCTTGCAAGACCAATACGATTATCAACATGAATATGAGAAATTCAAAAGCACAAGTCTCAATCATATTAGATCAAAACTACTTTTGTTAAATAATTTCACAAAAAGAACATTTTAATAACAATCGAGTAGTCATACATGCAAAGTTTAAATAACATTATCTAAAATTATGCATAGCCCTATATAATTTTACACCACAAAAATCATTCACTAACATGTAGACTCAAATTTGACATATACCACTATGTCAATTTAGAGTCTACATGTTAGTAAACGATTAATTTTATATATTACTATAAAATTTCGGTATGGTATACGGTATTTATTTTATAAATACCAAATACCGTATTGAATATCAAAAAAATTTAAAAGTCATTCCAAATACCATAATATCCATACCGCAGTATAAAAATTTCGATTTTGGTATGGTATTGTACATACCATGCCCGCCCCTATGTGCAAT

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