Plant MITE

SE3830660

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_8978
Solanum tuberosum
SE3830660
hAT
Hat24
chr02:69300255-69300887
TTCATGAG
TCATGAGTAGGGGTGTGCA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

T                   AACACCGAATCAA     -----       TTATTGGTTTATTTTTATTGGGTTAACGGTTTTTTAATGGTTTTATAAAAAAAAATATTGGGTTATCGATTCGGTATTGGTTTTTTAATATTGGGTTATTGGGTAAACCGATAACCCATTAAGACTAGTAATTTACTACTTTTACTTGTACATAAAATATTATATATTAATCTTAATACCTTAGTAGTTACTATCTTTGTCCTTTAGCCTTCAATTCACACTTCACAATGGATTTGAGTTCACAATTTCACATTATAAAAAACGTTAAAATCTAA
 TCATGAGTAGGGGTGTGCA             CCGAT     AAAAGTG                                                                                                                                                                                                                                                                                   
 |||||||||||||||||||             |||||     |||||||                                                                                                                                                                                                                                                                                    
 AGTACTTATCCCCACACGT             GCCAG     TCAAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                   
G                   ------------A     TCAAG       ACATAATAGCCAAGCCAAATAGTCAAAAACCAAAAATTTATACAATTTGGTTATTATACAAAAAATAGCTAAAACCAGGAATTGCCAAGACAAAAGCCAAATTGGTTATTCTTTTATAAATATTTTGTTTATATACTGAAAAGATTATTTAAACTACGCTTTTGTGTTATTACATTGAAATGTTTTCGAGTATTTTATCTTTGTTATTATTGTTTCTACTTTTCTTGATATGTTTGCATTATGTTTCTCTTTAATTCTCCTTATACCAAGAATGA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3830660

TTCATGAGTAGGGGTGTGCAAACACCGAATCAACCGATAAAAGTGTTATTGGTTTATTTTTATTGGGTTAACGGTTTTTTAATGGTTTTATAAAAAAAAATATTGGGTTATCGATTCGGTATTGGTTTTTTAATATTGGGTTATTGGGTAAACCGATAACCCATTAAGACTAGTAATTTACTACTTTTACTTGTACATAAAATATTATATATTAATCTTAATACCTTAGTAGTTACTATCTTTGTCCTTTAGCCTTCAATTCACACTTCACAATGGATTTGAGTTCACAATTTCACATTATAAAAAACGTTAAAATCTAAAGTAAGAACCATATTCCTCTTAATTTCTCTTTGTATTACGTTTGTATAGTTCTTTTCATCTTTGTTATTATTGTTTCTATTTTATGAGCTTTTGTAAAGTTACATTATTGTGTTTTCGCATCAAATTTATTAGAAAAGTCATATATTTGTTTTATAAATATTTTCTTATTGGTTAAACCGAAAACAGAACCGTTAAGGACCAAAATCGATAAAAAACATATTATTGGTTTAACATATTTAAAAACCAAAAACTGATAAACCGAACCGATAATACATAAAACTGAACTGACCGATGCACACCCCTATTCATGAG

Copy Cancel