Plant MITE

SE2830536

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_9541
Sorghum bicolor
SE2830536
hAT
Hat40
chromosome_10:51832515-51833074
GTAGTAGG
GGCAGTGTTCGCCTAAACG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

GTAGTA G       CG        GCCTAAAC     ATTAAACGGTCATTAAATGGTAAACGGTGGCAAACTGTTTTGTTTAGGGGGTAAACGGGAAATTAAACGGTTGACCGTTTAAACGGTCAAAAAAACGGGAAAAACGGTCTAAACGGCCTACACGGAACGGTTGTAAACGGTGTTAAACGGCTGTTTAAACGGCCGTTTAGGCAAACACCAGGTGAATGTAGTTGAATTTTATATTAACAATTTGTATACTTATATTTATTATATTTATAAATATAT
      G CAGTGTT  CCTAAACG        GGCCG                                                                                                                                                                                                                                                      
      | |||||||  ||||||||        |||||                                                                                                                                                                                                                                                       
      T GTTACAA  GGATTTGC        GATTT                                                                                                                                                                                                                                                      
GGATGA G       TA        --------     GCCATTTGTCAGCCAGTGGGAAGCAAATCGCAAATTTGACAAATCTGCCACAAATTTGCCTAATTTTGCCAGATTTGCCAAAATGTGTTATAATGTTTTTACACGTATAAAAAATTACATTTTAGTTAGTAAGATAGTAAATATGTATAAATACGTTGATTTTAGGTAAATAAAATAATACATATATACAAATACATACAATATTATTAATTTATATGTATAAATACGTATATTGTTTAGTTAAAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2830536

GTAGTAGGCAGTGTTCGCCTAAACGGCCTAAACGGCCGATTAAACGGTCATTAAATGGTAAACGGTGGCAAACTGTTTTGTTTAGGGGGTAAACGGGAAATTAAACGGTTGACCGTTTAAACGGTCAAAAAAACGGGAAAAACGGTCTAAACGGCCTACACGGAACGGTTGTAAACGGTGTTAAACGGCTGTTTAAACGGCCGTTTAGGCAAACACCAGGTGAATGTAGTTGAATTTTATATTAACAATTTGTATACTTATATTTATTATATTTATAAATATATAAAATTGATTTGTTATATGCATAAATATGTATATTTAATTATTATAACATACATAAACATATATACATAATAAAATAAATGGATTTTAGTTGCATAAATATGTATAAATGATAGAATGATTGATTTTACATTAAAAAATATGCACATTTTTGTAATATTGTGTAAAACCGTTTAGACCGTTTTAATCCGTTTAAACACCGTCTAAACAGTTTAAACGCTAAACGAAGGGTGACCGACTGTTTACCGTTTAGCGTTTAGGATAACATTGGTAGTAGG

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