Plant MITE

SE2850897

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_9902
Sorghum bicolor
SE2850897
PIF/harbinger
To3
chromosome_7:8536223-8536955
TAA
AGGCCTTGTTTAGTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TA           -A   CAAAAAAATTC    TTCGGCACTGTAGCATTTTCATTTTTATTTAACAAATATTATTTAATCATGGACTAACTAGGCTTAAAAGATTCATCTCGTGATTTACAAGCAAACTGTGCAATTAGTTTGTATTTTTGTCTATATCTAATGTTTCATACATGTGCTCCAAGATTTGATGTGATGGGGAATCTTGAAAAGTTTTTGGTTTTCGGGGTGAACTAAACAAGGCCTAAGGTCTTGTTTAGTTGAGGAGGTGAAAAGTTTTTAAGTACTATAGCACTTTTATTTTTATTTAGCAATTATTTTTCAATCATAGACTAACTAGACTAAAAAGATTTGTTTCGTAAATTTCAGACA
  AGGCCTTGTTT  GTT           GGAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
  |||||||||||  |||           ||||                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
  TCCGGAACAAA  CAA           CAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
AA           CC   ----------A    TCTACGCTTTTGAAAAATTTAAAACGATGACATCGTGAAAGCAAACAAACACCATTTATAACAGATTAATATCTGATTAATCCCAGTTTTTTAAGCAGAGCATTAAATGTCTGTTTGACACATTAATCAAAAACAAAAGCAGATATAAATCACGAAGTACGTACGCGGCATTCTAAGCTAGATTGCCTTTTAGAACTTTTGAAAACCCAAAAACCCCACTTGTTCCGGAAATATCAAGTGAGGTTTTGAATTTTAAAAAAGTTTTAAAGAGCAGTGTAACATAGAACGTGAGTATTACTTTGTAATTTATATCTATTTTTTTATTAATTAACGTGTCAA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE2850897

TAAGGCCTTGTTTAGTTCAAAAAAATTCGGATTTCGGCACTGTAGCATTTTCATTTTTATTTAACAAATATTATTTAATCATGGACTAACTAGGCTTAAAAGATTCATCTCGTGATTTACAAGCAAACTGTGCAATTAGTTTGTATTTTTGTCTATATCTAATGTTTCATACATGTGCTCCAAGATTTGATGTGATGGGGAATCTTGAAAAGTTTTTGGTTTTCGGGGTGAACTAAACAAGGCCTAAGGTCTTGTTTAGTTGAGGAGGTGAAAAGTTTTTAAGTACTATAGCACTTTTATTTTTATTTAGCAATTATTTTTCAATCATAGACTAACTAGACTAAAAAGATTTGTTTCGTAAATTTCAGACAAACTGTGCAATTAATTATTTTTTTATCTATATTTAATGTTTCATTATGAGTGCAAGATACAATGTGACGAGAAATTTTGAAAAAATTTTAAGTTTTGGAGTGAACTATAAAGGCCTTGTTCACCCCAAAAACCCAAAAGTTTTCAAGATTTTCCGTTAGATCGAATCTTACGGCGCATGCATGAAGCACTAAATATAGACGAAAACAAAAACTAATTACACAGTTTGTCTGTAAATTACGAGACGAATTTTTTGACCCTAATTAGTCTATAATTAGACAATATTTACCACAAACAAACGAAAGTGCTACAGTAGCAAAATTTAAAAAGTTTTCGCATCTAAACAAACCCAAACAAGGCCTAA

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