Plant MITE

SE1810143

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10471
Glycine max
SE1810143
Tc1/Mariner
St6
Gm19:40117036-40117346
TA
TACTACCTATGTCCCTATATATAAGACTCTT

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

        AT    C                T    T   TTGA -    CCTT      AGACCCTCTTTTAAAAGTTTGGTGCATTAATTATTTTTATCCTATAATACACTTAAATAATTACAGTATTCTCTCTCCAAACATTAATTATTCCTTGGTG
TACTACCT  GTCC TATATATAAGACTCTT TCAC TTA    T TGTC    TTTATA                                                                                                    
||||||||  |||| |||||||||||||||| |||| |||    | ||||    ||||||                                                                                                    G
ATGATGGA  TAGG ATATATATTCTGGGAA AGTT GAT    T AGTT    GGGAAA                                                                                                    
        GG    A                -    -   ---- A    ---T      TTCTTTTCACCAATTAAATCAATTAGTGTAATTTAAACAGTTAATAAATATCACGAGAAGGTTTTAATGGGAAGTAAAGAGAATGGTGAATTTAACGAAG

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE1810143

TACTACCTATGTCCCTATATATAAGACTCTTTTCACTTTATTGATTGTCCCTTTTTATAAGACCCTCTTTTAAAAGTTTGGTGCATTAATTATTTTTATCCTATAATACACTTAAATAATTACAGTATTCTCTCTCCAAACATTAATTATTCCTTGGTGGGAAGCAATTTAAGTGGTAAGAGAAATGAAGGGTAATTTTGGAAGAGCACTATAAATAATTGACAAATTTAATGTGATTAACTAAATTAACCACTTTTCTTAAAGGGTTTGAATTAGTTGAAAGGGTCTTATATATAAGGATGGAGGTAGTA

Copy Cancel