Plant MITE

SE3150032

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10629
Fragaria vesca
SE3150032
PIF/harbinger
FrvP7
LG7:14538387-14538775
TAT
AGAGCAACTTTAGTAG

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TATC      A         -ACTCT       AGATTT      TTTTAGAGAGCGTGTTTAGCTTTTTTAAATGTTTTAAGAGCTCCTGCAGACTAGCCAAACTTAAGCTATTATAACTTTTAGCTATCTCGCTAGCTATATTTAGCTAGCGAGATGACTCAGATGAGGCTAGCTATAATTTAATGCATTCCTTA
    AGAGCA CTTTAGTAG      CTATTTT      TAGCTA                                                                                                                                                        
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    TCTCGT GAAATCGTT      GATAAAA      GTTAAA                                                                                                                                                        
  AC      A         ACAATT       ATTCAA      ATCAGTTTAATCGATTTTACAGTAAAATCGATCGGTGAAATCTTTACACCGACGTAGTTACGAGATATAAAATCGATGGTAATGTAGTTGTAATAAGAAGTTTATCTTTAATTTATCAAATTTATATAAATATATAGTGTATTTTATAAAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3150032

TATCAGAGCAACTTTAGTAGACTCTCTATTTTAGATTTTAGCTATTTTAGAGAGCGTGTTTAGCTTTTTTAAATGTTTTAAGAGCTCCTGCAGACTAGCCAAACTTAAGCTATTATAACTTTTAGCTATCTCGCTAGCTATATTTAGCTAGCGAGATGACTCAGATGAGGCTAGCTATAATTTAATGCATTCCTTATAAAATATTTTATGTGATATATAAATATATTTAAACTATTTAATTTCTATTTGAAGAATAATGTTGATGTAATGGTAGCTAAAATATAGAGCATTGATGCAGCCACATTTCTAAAGTGGCTAGCTAAAATGACATTTTAGCTAATTTGACTAAAATTGAACTTAAAAATAGTTAACATTGCTAAAGATGCTCTCA

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