Plant MITE

SE3150063

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10660
Fragaria vesca
SE3150063
PIF/harbinger
FrvP2
LG3:13997884-13998233
TAT
TAGAGCATCTCCAGCAATGTAACTAAA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TATACTCNGTCATNCTNCT                A   AA     ----------AC        AATTTAGCAATAATTATGAGATTTAACAATTGTTATAAGAATTTGGCTCCAGCAGTTATTGCTAAGTGTAAGTTAAGTAATATTTTTAACAAATTATAAACTGACACGTGGAGAAAAAAAGAAGGGAAAAT
                   TAGAGCATCTCCAGCA TGT  CTAAA            TATTGTTA                                                                                                                                   
                   |||||||||||||||| |||  |||||            ||||||||                                                                                                                                   A
                   ATCTCGTAGAGGTCGT ATA  GATTT            ACTTTAAA                                                                                                                                   
                  A                C   AC     AGTTTAAAAAAA        CAGTTAAAAAGTTTACTTATCCTCGAGGTTGTCATATGGATTTACCAACGATTTAAATTCTTAACGATTTGTTTTAACTTGTTTTAACTATTTAAACAGTTAACTCGGTACTTAACGATTTCTTTATGAAT

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3150063

TATACTCNGTCATNCTNCTTAGAGCATCTCCAGCAATGTAACTAAAACTATTGTTAAATTTAGCAATAATTATGAGATTTAACAATTGTTATAAGAATTTGGCTCCAGCAGTTATTGCTAAGTGTAAGTTAAGTAATATTTTTAACAAATTATAAACTGACACGTGGAGAAAAAAAGAAGGGAAAATATAAGTATTTCTTTAGCAATTCATGGCTCAATTGACAAATTTATCAATTTTGTTCAATTTTGTTTAGCAATTCTTAAATTTAGCAACCATTTAGGTATACTGTTGGAGCTCCTATTCATTTGAAAAATTGACAAATTTCAAAAAAAATTTGATTTAGCAATACTGCTGGAGATGCTCTAA

Copy Cancel