Plant MITE

SE3130104

Basic info.

MITE ID
Species
MITE identifier
Superfamily
Family
Genomic location
TSD
TIR

MITE_10701
Fragaria vesca
SE3130104
hAT
Frvh14
LG2:16506158-16506751
TATACTCN
TTTAAACCAGGGGCGGATCTAGA

Secondary structure and sequence

TSD TIR

5'

3'

TATACTCNGTCATNCTNCC      C              -  TACAA   -  -ATT     CAAGTCCCA      TATTTTGGGGAAAAAAATTAGTACTTATAATTATCACTAATTTTATGGTGTGATTGTAAGATTGTTGAGCTTAAGTCCCACTCAAATTCCTTTATCTTGTATAATTACTAATCAAATATTTTGTGGGATAGTCTCACTCTAGTCCTAGCTAGCATTGATGTGATCCAAGTGCCTACCGTATACTTAATTTTATTTTTGCTAATTAAAGAGATAAGTTTCTCTATCTTCTCAAAAAAGATATA
                   TTTAAA CAGGGGCGGATCTA GA     GCA CC    GGACT         CCCAAA                                                                                                                                                                                                                                                  
                   |||||| |||||||||||||| ||     ||| ||    |||||         ||||||                                                                                                                                                                                                                                                  C
                   AAATTT GTCCCCGCCTAGGT CT     CGT GG    CCTGA         TAAAAA                                                                                                                                                                                                                                                  
                  C      C              T  --TAG   T  CCAC     ------ACC      ACATTCTTTTTAAAAAACTGCCACGATTTATTTAAATATCTAACTTTTATTTCTATTTACATCAGTATTTCCTACATCACCCGGAAATGGTGAGGTTACAAACAAATTAAATATTTTGTGAGATCTGCATTGTTTTATTTTGATTTATTCGTAAAGTTATTCTGGCTGTTGGAGTGCAGGAGTGGCTACGACACACTGTTCCCAAACCGTTCCTTCTTTTCTTCTGTTGTCTGTTGTATCTA

Get MITE sequence

MITE cluster

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12
Vca-MIR1168	PmiREN020835	PmiREN020834	MIR1168	Vca-scaffold_12

Closed gene

MITE ID	MITE identifier	Chr	Start	End

>SE3130104

TATACTCNGTCATNCTNCCTTTAAACCAGGGGCGGATCTAGATACAAGCACCATTGGACTCAAGTCCCACCCAAATATTTTGGGGAAAAAAATTAGTACTTATAATTATCACTAATTTTATGGTGTGATTGTAAGATTGTTGAGCTTAAGTCCCACTCAAATTCCTTTATCTTGTATAATTACTAATCAAATATTTTGTGGGATAGTCTCACTCTAGTCCTAGCTAGCATTGATGTGATCCAAGTGCCTACCGTATACTTAATTTTATTTTTGCTAATTAAAGAGATAAGTTTCTCTATCTTCTCAAAAAAGATATACATCTATGTTGTCTGTTGTCTTCTTTTCTTCCTTGCCAAACCCTTGTCACACAGCATCGGTGAGGACGTGAGGTTGTCGGTCTTATTGAAATGCTTATTTAGTTTTATTTTGTTACGTCTAGAGTGTTTTATAAATTAAACAAACATTGGAGTGGTAAAGGCCCACTACATCCTTTATGACTACATTTATCTTTATTTTCAATCTATAAATTTATTTAGCACCGTCAAAAAATTTTTCTTACAAAAAATCCAAGTCCCACCGGTTGCGATTCTTGGATCCGCCCCTGCTTTAAAC

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